原文:转录组数据库介绍

一 nt和nr数据库 nt库和nr库大家都比较熟悉,一个核酸库,一个蛋白库,两者既可以通过NCBI进行在线BLAST,也可以在ftp: ftp.ncbi.nih.gov blast db地址中将如下文件下载后,进行 本地BLAST。在此还是简单说明一下在线比对方法: 打开https: blast.ncbi.nlm.nih.gov Blast.cgi,根据下表选择合适的程序 图表来自网络 然后可以直 ...

2018-04-07 22:23 0 2638 推荐指数:

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转录数据分析思路

转录紧紧围绕基因表达量和功能分析两部分,结合生物学问题来进行数据分析。 高表达基因已经研究比较透彻,应该更多关注中低表达基因。 层次聚类的妙用: -- 全部基因——>(差异分析)——>根据趋势挑选部分特异性基因——>功能分析; -- 功能大类聚类——> ...

Sun Jul 19 19:45:00 CST 2020 0 2013
转录(三):了解fastq测序数据

通过fastq-dump将sra文件转换为fastq格式 fastq-dump用法 默认情况下fastq-dump不对reads进行拆分, 对于很早之前的单端测序没有出现问题.但是对于双端测序 ...

Sun Aug 09 21:00:00 CST 2020 0 996
数据库介绍

目录 一:数据库演变史 1.什么是数据库? 2.数据库的作用 二:数据库的演变方向 1.文件操作阶段(保存数据(读写方式)) 2.软件开发目录 ...

Tue Jan 25 01:52:00 CST 2022 0 711
Cistrome数据库挖掘转录因子靶基因 | TF | target

进入http://cistrome.org/db/#/数据库 输入你感兴趣的转录因子,比如HDAC1 选择物种,以及你感兴趣的cell type 点击可以查询”check a putative target“ 也可以下载全部的”Putative Target ...

Thu Apr 01 04:26:00 CST 2021 0 260
(史上最全)SNP位点与转录因子结合特异性数据库:GVATdb

众所周知,全基因关联分析(GWAS)发现的很多变异位点基本为非编码,这些变异位点1)要么调控基因表达(eQTL); 2)要么影响增强子活性; 3)要么影响转录因子(TF)结合特异性; 4)要么啥也不是。 针对以上四种情况: 1)是否调控基因表达(eQTL)可通过GTEx(https ...

Sat Feb 06 04:53:00 CST 2021 0 550
表观 | Enhancer | ChIP-seq | 转录因子 | 数据库专题

需要长期更新! 参考:生信修炼手册 enhancer的基本概念: 长度几十到几千bp,作用是提高靶基因活性,属于顺式作用原件,DNA作用到DNA,转录因子就是反式,是结合到DNA的蛋白。 1981年,Benerji发现SV40中某个140bp的序列可以显著提高血红蛋白融合基因的表达 ...

Thu May 23 08:11:00 CST 2019 0 1817
转录入门】2:读文章得到测试数据

作业要求: 本流程学习的文章是:AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commun 2016 Nov 8;7:13347. PMID: 27824034 数据地址 ...

Mon Jun 11 22:25:00 CST 2018 0 1160
转录入门(3):了解fastq测序数据

sra文件转换为fastq格式 fastq-dump -h --split-3 也就是说如果SRA文件中只有一个文件,那么这个参数就会被忽略。如果原文件中 ...

Tue Aug 08 08:37:00 CST 2017 0 3962
 
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