基因组组装工具之 SOAPdenovo 使用方法
SOAPdenovo是一个新颖的适用于组装短reads的方法，能组装出类似人类基因组大小的de novo草图。 该软件特地设计用来组装Illumina GA short reads，新的版本减少了在图创建时的内存消耗，解决了contig组装时的重复区域的问题，增加了scaffold组装时的覆盖度 ...
原文：基因/转录本/任意特征 表达定量工具之featureCounts使用方法 | 参数详解
featureCounts真的很厉害。 常见的参数 没什么好说的，毕竟是固定的 ： a o input file F t g Q T 关键是以下几个参数怎么设置： f Perform read counting at feature level O Assign reads to all their overlapping meta features M Multi mapping reads w ...
2018-03-27 17:49 0 4364 推荐指数：
相关推荐
lncRNA表达定量方法评估
见文章：Benchmark of lncRNA Quantification for RNA-Seq of Cancer Samples Overall, 10-16% of lncRNAs can ...
chown命令参数及使用方法详解
Linux/Unix 是多人多工操作系统，所有的文件皆有拥有者。 一般来说，这个指令只有是由系统管理者(root)所使用， 使用权限 : root Linux chown命令 范例（所属组，可以使用冒号或者点） ...
详解 awk 工具的简单使用方法
来源：jarly https://my.oschina.net/jarly/blog/898144 【转注】：awk 是一个强大的文本分析工具，本教材只是简单的入门。结合Linux其它文件操作，shell脚本等强大的会爆表，经常接触文件分析的同学建议深入学习。 当你 ...
单细胞RNA-seq比对定量用什么工具好？使用哪个版本的基因组？数据来说话
这么多工具和基因组版本，选择困难症犯了，到底用哪个好呢？ 2018 nature - Developmental diversification of cortical inhibitory interneurons : ENSEMBL release 84 Mus musculus ...
【转录组】使用hisat2+stringtie组合进行转录组定量分析
转载于：https://www.ivistang.com/articles/312 准备软件和数据 安装miniconda wget -c https://repo.ana ...
rsem对转录本进行定量
最近在研究转录本，现在在下载数据，想起来自己有一个博客，就暂且来这里更新一下内容。 要想对转录本进行定量，首先需要下载它的转录组数据，将别人上传的SRR文件的名字整理在wheat.txt中，引用 下载后通过sratoolkits将sra数据转化成fq格式 --split-3将sra ...
wkhtmltopdf参数详解及精讲使用方法
术语定义 文档对象 “文档对象”是指PDF文档中的文档对象，共有三种类型的“文档对象”，他们分别是“页面对象”，“封面对象”和“目录对象”。 页面对象 “页面对象”是指以页面 ...