原文:怎么从bam文件中提取出比对OR没比对上的paired reads | bamToFastq | STAR

折腾这么多都是白瞎,STAR就有输出没有别对上的pair end reads的功能 参见:How To Filter Mapped Reads With Samtools I had the same issue but with Paired End Reads, and I solved using samtools and bamToFastq.You can find bamToFastq ...

2018-03-27 01:00 0 2412 推荐指数:

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比对软件之STAR的使用方法

建索引 普通比对 二次比对 用于cufflinks和stringtie的比对 待续~ 参考:比对软件STAR的简单使用 ...

Tue Mar 27 22:19:00 CST 2018 0 1647
PDF文件比对工具

tex/PDF对比工具讨论:https://tex.stackexchange.com/questions/65453/track-changes-in-latex 如果有源文件,直接用latexpand和latexdiff是最佳的方式。 如果没有源文件,只有pdf文件,那么只能直接对比 ...

Sun Mar 25 07:22:00 CST 2018 0 4188
超短reads(primer、barcode、UMI、index等)比对方法

二代reads最短都有50bp,所以大家常用的比对工具都是不支持50bp以下的reads比对的。 但是,在实际中,我们确实又有比对super short reads的需求。 So,我找到了如下方法来比对super short reads: 1.msa.sh,bbmap里的,好用,但是太慢 ...

Sat Jul 22 00:19:00 CST 2017 0 1567
Falcon:三代reads比对组装工具箱

主页:github: PacificBiosciences/FALCON 简介 Falcon是一组通过快速比对reads,从而来consensus和组装的工具。 Falcon工具包是一组简单的代码集合,我使用它们来研究单倍体和二倍体基因组的高效组装算法。 为了提高计算速度,它有 ...

Mon Aug 01 17:10:00 CST 2016 0 5032
如何从 dump 文件中提取出 C# 源代码?

一:背景 相信有很多朋友在遇到应用程序各种奇葩问题后,拿下来一个dump文件,辛辛苦苦分析了大半天,终于在某一个线程的调用栈上找到了一个可疑的方法,但 windbg 常常是以 汇编 的方式显示方法代码的,可惜的是,现如今的汇编,有多少像我们这些速成系码农还看的懂呢? 😂😂😂 接下来尖锐 ...

Mon Apr 12 15:17:00 CST 2021 20 3508
linux下文件比对功能

很想对吧两个文本有什么不同,可linux下有没有那么方便的工具,怎么办?其实也很简单:diff命令,一行搞定。 新建a.txt文件 新建b.txt文件 执行命令:diff -C0 a.txt b.txt,对比效果如图 *** 1 ***表示第一个文件的第一 ...

Tue May 23 19:51:00 CST 2017 0 1819
 
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