GTF文件的全称是gene transfer format,主要是对染色体上的基因进行标注。怎么理解呢,其实所谓的基因名,基因座等,都只是后来人们给一段DNA序列起的名字而已,还原到细胞中就是细胞核里面的一条长长的染色体(DNA序列)。而这个GTF文件的主要功能,就是指出我们所谓的基因在染色体 ...
hg 有哪些染色体 chr chr chr chr chr chr chr chr chr chr chr chr chr chr chr chr chr chr chr chr chr chr chrX chrY chrM 其实还有其他 染色体 ,只是我们的研究一般用不到,所以就没有合并进来。比如做同源分析,找变异什么的,还是要选好基因组。 gene type有哪些 cat gencode.v ...
2018-03-26 19:38 0 1371 推荐指数:
GTF文件的全称是gene transfer format,主要是对染色体上的基因进行标注。怎么理解呢,其实所谓的基因名,基因座等,都只是后来人们给一段DNA序列起的名字而已,还原到细胞中就是细胞核里面的一条长长的染色体(DNA序列)。而这个GTF文件的主要功能,就是指出我们所谓的基因在染色体 ...
如何获取hg19的CDS、UTR、intergenic、intron等的位置信息? 参考手册: Hg19 regions for Intergenic, Promoters, Enhancer, Exon, Intron, 5-UTR, 3-UTR 怎么从gtf文件获取genome ...
从三大核酸数据库NCBI、Ensembl、UCSC 下载参考序列及注释文件 0.人类基因组版本对应关系 NCBI Ensembl UCSC GRCh36 release_52 hg ...
作业要求: 在UCSC下载hg19参考基因组,我博客有详细说明,从gencode数据库下载基因注释文件,并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构,比如TP53,KRAS,EGFR等等。 作业,截图几个基因的IGV可视化结构!还可以下载ENSEMBL,NCBI的gtf,也导入IGV看看,截图基因结构 ...
What Ensembl genome version should I use for alignments? (e.g. toplevel.fa vs. primary_assembly.fa) ...
ensembl/release91: cat Homo_sapiens.GRCh38.91.gtf | grep -v "#" | cut -f9 | cut -f1,3,6,8 -d\; | grep gene_biotype | sed -e 's/\"//g' | sed -e 's ...
;输出->XML 文档文件",来为当前项目生成包含所有文档注释的 XML 文件。一般可用于 Visu ...
转自:https://blog.csdn.net/sinat_38163598/article/details/72851239 1.基本 GFF和GTF是两种最常用的数据库注释格式,基因注释文件。 GFF全称为general feature format,这种格式主要是用来注释基因组 ...