原文:单细胞RNA-seq比对定量用什么工具好?使用哪个版本的基因组?数据来说话

这么多工具和基因组版本,选择困难症犯了,到底用哪个好呢 nature Developmental diversification of corticalinhibitory interneurons :ENSEMBL release Mus musculus genome Molecular Cell Single Cell Alternative Splicing Analysis withEx ...

2018-06-03 17:02 0 897 推荐指数:

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RNA-Seq基因组比对工具HISAT2

原文网址: http://blog.biochen.com/archives/337 HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者,使用改进的BWT算法,实现了更快的速度和更少的资源占用,作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。官网:https ...

Thu Jul 19 23:07:00 CST 2018 0 1289
上传RNA-seq数据到NCBI GEO数据库 | 单细胞RNA数据上传

SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据。 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T)。 所以我们就建一个文件夹,然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了(copy太慢,也太占空间 ...

Wed May 30 00:58:00 CST 2018 0 6106
上传RNA-seq数据到NCBI GEO数据库 | 单细胞RNA数据上传

上传RNA-seq数据到NCBI GEO数据库 | 单细胞RNA数据上传 SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据。 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人 ...

Tue May 26 21:44:00 CST 2020 0 1220
单细胞 RNA-seq 10X Genomics

单细胞流程跑了不少,但依旧看不懂结果,是该好好补补了。 有些人可能会误会,觉得单细胞RNA-seq数据很好分析,跟分析常规的RNA-seq应该没什么区别。今天的这篇文章2015年3月发表在Nature Genetics Review上,专门说明了一下单细胞RNA测序数据数据分析和计算 ...

Sat May 27 00:06:00 CST 2017 0 13409
Analysis of single cell RNA-seq data(单细胞终极课程)

业界良心啊,开源的单细胞课程。 随便看了几章,课程写得非常用心,非常适合新手。 课程地址:Analysis of single cell RNA-seq data 源码地址:hemberg-lab/scRNA.seq.course ...

Thu Jul 13 18:56:00 CST 2017 0 1541
转录测序(RNA-seq)技术

转录是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合。转录研究能够从整体水 平研究基因功能以及基因结构,揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理,已广泛应 用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。基于 Illumina 高通量测序平台的转录测序技术使 能够在单核苷酸水平 ...

Sun May 12 00:18:00 CST 2019 0 1336
Bulk RNA-Seq转录学习

与之对应的是single cell RNA-Seq,后面也会有类似文章。 参考:https://github.com/xuzhougeng/Learn-Bioinformatics/ 作业:RNA-seq基础入门传送门 资料:RNA-seq Data Analysis-A Practical ...

Thu Aug 03 00:39:00 CST 2017 0 3218
 
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