单细胞测序之质控分析(QC)为什么要做质控?在细胞分离过程中的细胞损伤或者文库制备的失败(无效的逆转录或者PCR扩增失败),往往会引入一些低质量的数据。这些低质量的数据的主要特点是(以下一行表示一个基因,一列表示一个细胞): 细胞整体上的counts值少(从列的角度看,一列数据的总和偏小 ...
比对 The raw Drop seq data was processed withthe standard pipeline Drop seq tools version . from McCarroll laboratory .Reads were aligned to the ENSEMBL release Mus musculus genome. xGenomics data was p ...
2018-04-07 14:27 0 3059 推荐指数:
单细胞测序之质控分析(QC)为什么要做质控?在细胞分离过程中的细胞损伤或者文库制备的失败(无效的逆转录或者PCR扩增失败),往往会引入一些低质量的数据。这些低质量的数据的主要特点是(以下一行表示一个基因,一列表示一个细胞): 细胞整体上的counts值少(从列的角度看,一列数据的总和偏小 ...
SCTransform Normalization and variance stabilization of single-cell RNA-seq data using regularized negative binomial regression ChristophH ...
背景:数据挖掘/机器学习中的术语较多,而且我的知识有限。之前一直疑惑正则这个概念。所以写了篇博文梳理下 摘要: 1.正则化(Regularization) 1.1 正则化的目的 1.2 结构风险最小化(SRM)理论 1.3 L1范数(lasso),L2范数 ...
SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据。 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T)。 所以我们就建一个文件夹,然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了(copy太慢,也太占空间 ...
上传RNA-seq数据到NCBI GEO数据库 | 单细胞RNA数据上传 SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据。 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人 ...
本文总结自一篇综述: Computational approaches for interpreting scRNA-seq data 单细胞分析分为两个层次: cell level gene level Tools for the visualization ...
个人的一些碎碎念: 聚类,直觉就能想到kmeans聚类,另外还有一个hierarchical clustering,但是单细胞里面都用得不多,为什么?印象中只有一个scoring model是用kmean进行粗聚类。(10x就是先做PCA,再用kmeans聚类的) 鉴于单细胞的教程很多,也有 ...
单细胞流程跑了不少,但依旧看不懂结果,是该好好补补了。 有些人可能会误会,觉得单细胞的RNA-seq数据很好分析,跟分析常规的RNA-seq应该没什么区别。今天的这篇文章2015年3月发表在Nature Genetics Review上,专门说明了一下单细胞RNA测序数据在数据分析和计算 ...