原文:单细胞数据初步处理 | drop-seq | QC | 质控 | 正则化 normalization

比对 The raw Drop seq data was processed withthe standard pipeline Drop seq tools version . from McCarroll laboratory .Reads were aligned to the ENSEMBL release Mus musculus genome. xGenomics data was p ...

2018-04-07 14:27 0 3059 推荐指数:

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单细胞测序之质控分析(QC 质量控制)

单细胞测序之质控分析(QC)为什么要做质控?在细胞分离过程中的细胞损伤或者文库制备的失败(无效的逆转录或者PCR扩增失败),往往会引入一些低质量的数据。这些低质量的数据的主要特点是(以下一行表示一个基因,一列表示一个细胞): 细胞整体上的counts值少(从列的角度看,一列数据的总和偏小 ...

Sat Jun 26 03:31:00 CST 2021 0 523
上传RNA-seq数据到NCBI GEO数据库 | 单细胞RNA数据上传

SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据。 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T)。 所以我们就建一个文件夹,然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了(copy太慢,也太占空间 ...

Wed May 30 00:58:00 CST 2018 0 6106
上传RNA-seq数据到NCBI GEO数据库 | 单细胞RNA数据上传

上传RNA-seq数据到NCBI GEO数据库 | 单细胞RNA数据上传 SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据。 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人 ...

Tue May 26 21:44:00 CST 2020 0 1220
scRNA-seq单细胞测序数据分析工具汇总

本文总结自一篇综述: Computational approaches for interpreting scRNA-seq data 单细胞分析分为两个层次: cell level gene level Tools for the visualization ...

Thu Jul 13 02:13:00 CST 2017 0 6366
单细胞 RNA-seq 10X Genomics

单细胞流程跑了不少,但依旧看不懂结果,是该好好补补了。 有些人可能会误会,觉得单细胞的RNA-seq数据很好分析,跟分析常规的RNA-seq应该没什么区别。今天的这篇文章2015年3月发表在Nature Genetics Review上,专门说明了一下单细胞RNA测序数据数据分析和计算 ...

Sat May 27 00:06:00 CST 2017 0 13409
 
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