比对软件Blast，Blast+，Diamond比较
1. Blast （1）格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要参数： -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型，是核苷酸序列数据库（F - nucleotide）/蛋白质序列数据库（T – protein ...
原文：blast | diamond 输出结果选择和解析 | 比对
之前的文章：构建NCBI本地BLAST数据库 NR NT等 blastx diamond使用方法 blast构建索引 makeblastdb 本地运行blast时，需要指定out format。 常见的网页版blast结果可以参照：Blast结果的详细解析 Formatting options outfmt lt String gt alignment view options: Pairwise ...
2018-03-19 16:53 0 6472 推荐指数：
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4、在线blast比对结果解析（保守结构域）
转载：http://www.bio1000.com/experiment/fenzi/237846.html 标签： NCBI Blast LASTP 摘要 : NCBI BLAST比对结果报告分析:BLAST是NCBI开发的一款序列相似搜索程，常用在线的BLAST比对工具进行序列 ...
20、BLAST比对及结果介绍
1、formatdb -i /share/nas1/huangt/project/IsoSeq/BMK170104-E545-03-a/Analysis_T01/MoveRebundant/T01/c ...
blast及其格式输出简介
1）blast产生背景 双序列比对可以采用是基于动态规划算法的Needleman-Wunsch（NW）和Smith-Waterman algorithm（SW）算法，虽然精度高，但计算消耗大。当与数据库比对的时候，该算法就显得不切实际。因此TASTA，blast采用启发式算法 ...
用blast blastn进行短序列的搜索（比对）
blastn 多加上 -task blastn-short -word_size 7 -evalue 1 -task：设置比对模式，通常情况会有一个默认task，这里要设置为blastn-short -word_size：尽可能小，这里设为7 -evalue：类似于p值的一个指标，越小说明越 ...
Blat_类BLAST 比对工具 & GNU Parallel
Blat Blat，全称 The BLAST-Like Alignment Tool，可以称为"类BLAST 比对工具"，对于DNA序列，BLAT是用来设计寻找95%及以上相似至少40个碱基的序列。对于蛋白序列，BLAT是用来设计寻找80%及以上相似至少20个氨基酸的序列。 Blat ...
生信分析-windows-blast序列比对
这是一个尝试性的文章，能不能解决我要解决的问题，并不清楚。 ===本文利用NCBI的blast界面，实现将短序列比对上reference基因组，并实现变异位点可视化。===补言=== 比对常用的是NCBI网站，打开NCBI。（百度 谷歌直接搜索NCBI， 现在中国也在搭建和完善国家生物信息中心 ...
构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb
如何下载NCBI blast数据库？ 有哪些可供下载的blast数据库？ blast如何使用？ blast构建索引 | makeblastdb ...