原文:(转) gffcompare和gffread | gtf | gff3 格式文件的分析 | gtf处理 | gtfparse

工具推荐:https: github.com openvax gtfparse 真不敢相信,Linux自带的命令会这么强大,从gtf中提取出需要的transcript,看起来复杂,其实一个grep就搞定了。 grep F f out.list gffcmp.combined.gtf gt test.out 本文出自于http: www.bioinfo scrounger.com转载请注明出处 gf ...

2018-03-19 06:07 0 2352 推荐指数:

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gff/gtf格式

1)gff3gtf2简介 一个物种的基因组测序完成后,需要对这些数据进行解读,首先要先找到这些序列中转录起始位点、基因、外显子、内含子等组成元件在染色体中的位置信息(即注释)后才能再进行深入的分析gff/gtf是贮存这些注释信息的两种文件格式GFF(general feature ...

Sun Aug 19 00:36:00 CST 2018 0 6215
GTF/GFF文件的差异及其相互转换

我们在做生物分析的时候,经常会碰到GFF格式文件以及GTF格式的注释文件。他们有着相似的名字,甚至连内容都极为相似~那么,他们究竟差在哪里呢? GFF全称为general feature format,这种格式主要是用来注释基因组。 GTF全称为gene transfer ...

Thu Jul 26 01:34:00 CST 2018 0 2059
gtf文件学习+读取

自:https://blog.csdn.net/sinat_38163598/article/details/72851239 1.基本 GFFGTF是两种最常用的数据库注释格式,基因注释文件GFF全称为general feature format,这种格式主要是用来注释基因组 ...

Wed Dec 02 06:25:00 CST 2020 0 1375
GTF文件解释

  GTF文件的全称是gene transfer format,主要是对染色体上的基因进行标注。怎么理解呢,其实所谓的基因名,基因座等,都只是后来人们给一段DNA序列起的名字而已,还原到细胞中就是细胞核里面的一条长长的染色体(DNA序列)。而这个GTF文件的主要功能,就是指出我们所谓的基因在染色体 ...

Thu Jul 20 22:01:00 CST 2017 0 1398
bedtools神器 | gtfbed | bed文件运算

我们生信技能书有一篇介绍bedtools的文章,可以在微信里搜着看下,非常有用。 bedtools 用法大全 http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ gtfbed用Linux命令完全可以实现,因为gtf每一行比较规律,不像fasta和fastq ...

Sun Mar 25 12:16:00 CST 2018 0 3738
初步了解hg19注释文件的内容 | gtf

chrM 其实还有其他“染色体”,只是我们的研究一般用不到,所以就没有合并进来。比如做同源分析 ...

Tue Mar 27 03:38:00 CST 2018 0 1371
关于基因组注释文件GTF的解释

  GTF文件的全称是gene transfer format,主要是对染色体上的基因进行标注。怎么理解呢,其实所谓的基因名,基因座等,都只是后来人们给一段DNA序列起的名字而已,还原到细胞中就是细胞核里面的一条长长的染色体(DNA序列)。而这个GTF文件的主要功能,就是指出我们所谓的基因在染色体 ...

Tue Jun 06 18:44:00 CST 2017 0 10629
批量处理NC格式文件

方案一:使用Arcpy处理 一、使用ArcMap处理 方案二:使用python的netCDF4批量处理NC格式文件 一、使用ArcMap提取出第一期数据 1.使用工具箱中的“Make NetCDF Raster Layer”工具,提取出一个数据 可以发现该数据有正确的像元大小 ...

Mon Mar 21 22:38:00 CST 2022 0 2258
 
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