1)gff3及gtf2简介 一个物种的基因组测序完成后,需要对这些数据进行解读,首先要先找到这些序列中转录起始位点、基因、外显子、内含子等组成元件在染色体中的位置信息(即注释)后才能再进行深入的分析。gff/gtf是贮存这些注释信息的两种文件格式。 GFF(general feature ...
工具推荐:https: github.com openvax gtfparse 真不敢相信,Linux自带的命令会这么强大,从gtf中提取出需要的transcript,看起来复杂,其实一个grep就搞定了。 grep F f out.list gffcmp.combined.gtf gt test.out 本文出自于http: www.bioinfo scrounger.com转载请注明出处 gf ...
2018-03-19 06:07 0 2352 推荐指数:
1)gff3及gtf2简介 一个物种的基因组测序完成后,需要对这些数据进行解读,首先要先找到这些序列中转录起始位点、基因、外显子、内含子等组成元件在染色体中的位置信息(即注释)后才能再进行深入的分析。gff/gtf是贮存这些注释信息的两种文件格式。 GFF(general feature ...
我们在做生物分析的时候,经常会碰到GFF格式的文件以及GTF格式的注释文件。他们有着相似的名字,甚至连内容都极为相似~那么,他们究竟差在哪里呢? GFF全称为general feature format,这种格式主要是用来注释基因组。 GTF全称为gene transfer ...
转自:https://blog.csdn.net/sinat_38163598/article/details/72851239 1.基本 GFF和GTF是两种最常用的数据库注释格式,基因注释文件。 GFF全称为general feature format,这种格式主要是用来注释基因组 ...
GTF文件的全称是gene transfer format,主要是对染色体上的基因进行标注。怎么理解呢,其实所谓的基因名,基因座等,都只是后来人们给一段DNA序列起的名字而已,还原到细胞中就是细胞核里面的一条长长的染色体(DNA序列)。而这个GTF文件的主要功能,就是指出我们所谓的基因在染色体 ...
我们生信技能书有一篇介绍bedtools的文章,可以在微信里搜着看下,非常有用。 bedtools 用法大全 http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ gtf转bed用Linux命令完全可以实现,因为gtf每一行比较规律,不像fasta和fastq ...
chrM 其实还有其他“染色体”,只是我们的研究一般用不到,所以就没有合并进来。比如做同源分析 ...
GTF文件的全称是gene transfer format,主要是对染色体上的基因进行标注。怎么理解呢,其实所谓的基因名,基因座等,都只是后来人们给一段DNA序列起的名字而已,还原到细胞中就是细胞核里面的一条长长的染色体(DNA序列)。而这个GTF文件的主要功能,就是指出我们所谓的基因在染色体 ...
方案一:使用Arcpy处理 一、使用ArcMap处理 方案二:使用python的netCDF4批量处理NC格式文件 一、使用ArcMap提取出第一期数据 1.使用工具箱中的“Make NetCDF Raster Layer”工具,提取出一个数据 可以发现该数据有正确的像元大小 ...