原文:NCBI下载SRA数据

从NCBI下载数据本来是一件很简单的事情,但是今天碰到几个坑: paper里没有提供SRA数据号 也没有提供路径 不知道文件在ftp的地址,不能直接用wget下载 所以通过在NCBI官网,直接在SRA搜索栏里: 输入paper的title关键词NIFTY BGI 搜索结果: 选一个文件点击进去 进去之后,再点击SRP 然后: 出现如下内容: 然后选择所有SRR文件: 下载Accession lis ...

2018-02-26 16:42 0 6223 推荐指数:

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NCBI下载sra数据(新)

  今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接,网上查发现都是老的方法,NCBI页面已经变更,于是看了NCBI的help,并且记录下来新版的sra数据下载方法,要用NCBI的工具SRA Toolkit。另外咨询师兄,总结得到新的wget下载的方法。 方法1 NCBI告知的方法(中断不能继续 ...

Mon Aug 14 18:52:00 CST 2017 0 22600
NCBI SRA数据

简介 SRA数据库是美国国立卫生研究院(NIH)的高通量测序数据的主要归档,是国际核苷酸序列数据库协作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列读取存档(SRA),欧洲生物信息学研究所(EBI)和DNA数据库 日本(DDBJ)。 提交给三个组织中的任何一个的数据都是共享的。 SRA ...

Thu Jul 19 04:44:00 CST 2018 0 1663
NCBI SRA数据库使用详解

/48272598_749456477.shtml 我的下载数据在/home/username/ncbi/public/s ...

Fri Aug 24 05:03:00 CST 2018 0 14081
NCBI SRA数据如何进行md5校验?

下了一些sra数据库中的公共数据,因为pretech和aspera不稳定,稍微大点的文件经常传断,部分文件我只能通过本地下载再上传。 那么问题来了,sra没有md5校验,我怎么知道我数据的完整性,尤其是通过本地下载的那些数据? 网上查了下是说,sra是自带md5校验的(The SRA ...

Fri Mar 05 19:15:00 CST 2021 0 358
使用sratoolkit下载NCBI数据

如何使用sratoolkit下载NCBI数据? 比如我想下载这个研究的数据, 使用prefetch命令,输入对应的SRA号码 prefetch SRR10861695 默认下载限制是20G的数据,如果下载数据较大,可以修改配置,比如改为最大100G prefetch --max-size ...

Thu Apr 09 21:56:00 CST 2020 0 1420
 
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