原文:Biopython 模块处理Seq序列 方法

Biopython 模块 .序列 赋值 Bio.Alphabet.IUPAC 提供蛋白质 DNA和RNA的基本定义,并提供扩展和定制基本定义的功能。 . DNA 字母表 基本字母:IUPACUnambiguousDNA每种可能下的歧义字母:IUPACAmbiguousDNA修饰后的碱基:ExtendedIUPACDNA . 蛋白字母表基本的IUPACProtein类 包含常见的 中氨基酸Exten ...

2018-02-11 23:52 0 3241 推荐指数:

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序列序列模型(seq2seq)

1. 什么是seq2seq   在⾃然语⾔处理的很多应⽤中,输⼊和输出都可以是不定⻓序列。以机器翻译为例,输⼊可以是⼀段不定⻓的英语⽂本序列,输出可以是⼀段不定⻓的法语⽂本序列,例如:   英语输⼊:“They”、“are”、“watching”、“.”   法语输出:“Ils ...

Wed Apr 07 16:32:00 CST 2021 0 277
利用biopython批量下载基因序列

构建自己需要的blast库,需要下载所有自己需要的基因。利用biopython可以快速完成。 1.首先,利用 “org.Hs.eg.db” 将自己的基因symbol转成accession中的id 结果如下: 2.利用biopython下载序列 ...

Thu Dec 27 22:26:00 CST 2018 0 785
Biopython常用功能模块

Biopython项目是旨在减少计算生物学中代码重复的开源项目之一,由国际开发人员协会创建。 它包含表示生物序列序列注释的类,并且能够读取和写入各种文件格式(FASTA,FASTQ,GenBank和Clustal等), 支持以程序化方式访问生物信息的在线数据库(例如,NCBI)。 独立的模块扩展 ...

Thu May 10 06:22:00 CST 2018 0 6005
Biopython SeqIO 读取序列文件,读取信息,写入序列

Biopython1.序列赋值 转录(反转录) 翻译 反向互补2.读取序列文件,识别序列的属性信息。SeqRecord提供序列及其注释的容器属性:seq :一条生物序列id:基本ID,标识这条序列name:常用分子的名称description:序列分子的描述letter_annotation ...

Mon Feb 12 18:56:00 CST 2018 0 927
Biopython SeqIO 读取序列文件,读取信息,写入序列

Biopython 1.序列赋值 转录(反转录) 翻译 反向互补2.读取序列文件,识别序列的属性信息。 SeqRecord提供序列及其注释的容器属性: seq :一条生物序列id:基本ID,标识这条序列name:常用分子的名称description:序列分子的描述 ...

Mon Dec 28 17:51:00 CST 2020 0 419
seq与Shell序列生成

有时候可能有这样的需要:用Shell生成类似0001这样的序列作为批次号,这里整理了一下个人的方法 方法一:通过seq命令 seq命令可以生成从某个数字到递增到另一数字的序列。用法如下: 选项参数如下: 示例1:指定序列格式 示例2:指定序列 ...

Tue Jul 04 00:17:00 CST 2017 0 3456
python处理.seq文件

# Deal with .seq format for video sequence # Author: Kaij # The .seq file is combined with images, # so I split the file into several images ...

Thu Apr 03 04:01:00 CST 2014 0 3373
 
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