原文:Diamond软件比对蛋白质数据库

参考文章http: www.biotrainee.com thread .html http: blog.sina.com.cn s blog f c vny .html . 下载 安装 下载地址:https: github.com bbuchfink diamond tar xzf diamond linux .tar.gz . 使用 建立索引 diamond makedb in nr.faa ...

2018-01-31 17:56 0 1231 推荐指数:

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Uniprot 数据库-最常用的蛋白质数据库

Uniprot 数据库是收录信息最全面的蛋白质数据库,包含swissport, uniparc, TrEMBL 3个子数据库; 其中swiss-prot 是手工核对过的 ,非冗余, 有详细注释信息的蛋白数据库,也是最常用的数据库; 该数据库收录了不同物种的蛋白信息,以人类为例, 数据库中 ...

Mon May 15 18:53:00 CST 2017 0 4360
【4】蛋白质组学鉴定软件之MSGFPlus

目录 1.简介 2.安装运行 3.结果 1.简介 MSGF+也是近年来应用得比较多的蛋白鉴定软件。java写的,2008年初次发表JPR,2014年升级发表NC,免费开源,持续更新维护,良心软件。而且,有研究者对不同蛋白质组学鉴定软件进行比较分析 ...

Sat Aug 29 01:53:00 CST 2020 0 836
【5】蛋白质组学鉴定定量软件之PD

目录 1.简介 2.安装与配置 3.分析流程 4.结果 1.简介 PD全称Proteome Discoverer,是ThermoFisher在2008年推出的商业Windows软件,没错,收费,还不菲。而且主要也是针对他们家的obitrap产出数据 ...

Sat Aug 29 05:33:00 CST 2020 0 1961
【6】蛋白质组学鉴定定量软件之MaxQuant

目录 1.简介 2.下载安装 3.配置与运行 4.结果 5.Perseus后处理 6.小结 1.简介 2016年,德国马普所的Cox和蛋白质组学领域巨擘Matthias Mann合作开发了MaxQuant软件(MQ),并发表在nbt ...

Sat Aug 29 07:48:00 CST 2020 1 7725
【宏蛋白质组】搜工具简介与评估

蛋白质数据分析相对较难,不同于常规蛋白质组分析,因为数据库太大,无法直接进行搜匹配,需要对数据库进行优化。整理了几个发表的宏蛋白分析工具。具体效果如何,还需要测试。 1.ProteoStorm 发表:ProteoStorm: An Ultrafast Metaproteomics ...

Fri Mar 20 07:00:00 CST 2020 0 1015
蛋白质组学数据的缺失值填充

缺失值填充在数据分析领域的预处理过程绕不过去的一个坎,蛋白质组学也不例外,简单记录下,可能有些地方有其特殊之处。 分析缺失值来源:完全随机缺失(MCAR,如质谱仪抖动,对数据影响无偏好性,均一分布),随机缺失(MAR,依赖于其他观测变量,如时间梯度越长采集越可能出现缺失值),非随机缺失 ...

Sun Jul 19 06:17:00 CST 2020 0 1347
蛋白质组学数据分析——(1)原理

当前,关于高通量蛋白质组学的研究远不如NGS这般火热,网上关于这方面的知识也寥寥无几,从事这一行也有一段时间了,但还没好好总结过。加之过段时间可能要去做培训,所以是时候把知识点总结一下,权当复习。当然整个蛋白质组学研究也算纷繁复杂,不可能面面俱到,而且很多东西我也在学习当中,肯定会出现不少纰漏 ...

Thu Jul 18 06:59:00 CST 2019 1 9679
蛋白质结构模建初探

目录 相关链接 蛋白质模建的几种方法 同源模建 折叠识别 从头预测 综合方法 实地操作&预测结果 路线 预测结果 Swiss ...

Fri Apr 17 07:19:00 CST 2020 0 592
 
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