Salmon 概述 该软件采用新的双阶段 dual phase 统计推断程序，以及针对每个样本存在sequence specific, fragment GC content, 和 positional biases而应用的sample specific bias models。 该软件由三个部分组成： 一个轻量级的 mapping model, 一个估计初始表达水平的在线阶段 an online ...
2018-01-25 22:03 0 2804 推荐指数：
可变剪切的预测已经很流行了，目前主要有两个流派： 用DNA序列以及variant来预测可变剪切；GeneSplicer、MaxEntScan、dbscSNV、S-CAP、MMSplice、clinVar、spliceAI 用RNA来预测可变剪切；MISO、rMATS、DARTS ...
A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq数据分析指南 内容 前言 各位同学/老师，大家好，现在由我给大家讲讲我的文献阅读报告！ A survey of best practices ...
Directional RNA-seq data -which parameters to choose? REF: https://chipster.csc.fi/manual/library-type-summary.html Directional RNA-seq methods ...
什么是RNA-Seq (RNA Sequencing) 2011-07-14 ~ ADMIN 随着ome为词尾的各种组学的出现，转录组学已经成为了人们了解生物信息的一个重要组成部分。人们使用了许多办法来掌握转录组的情况，主要分为两类，一类是基于杂交，一类是基于下一代测序技术 ...
简单理解RNA-seq 刘小泽 已关注 2018.10.17 23:51* 字数 1518 阅读 46评论 0喜欢 3 今天就当一个小故事看吧，看了statQuest，感觉讲的很棒，于是分享给大家原版视频后台回复 ...
这部分开始进行基本的富集分析，两类 A：差异基因富集分析（不需要表达值，只需要gene name） B: 基因集(gene set)富集分析（不管有无差异， ...
转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合。转录组研究能够从整体水 平研究基因功能以及基因结构，揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理，已广泛应 用于基础研究、临床 ...
无生物学重复RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biological replicates BMC Bioinformatics 的一篇文章中提出了一种新 ...
