DNA拷贝数变异CNV检测——基础概念篇 一、CNV 简介 拷贝数异常(copy number variations, CNVs)是属于基因组结构变异（structural variation），根据大小可分为两个层次：显 微水平 ...

目录 1.安装 2.测试 3.动植物群体检测CNV 知名的拷贝数变异分析工具几乎都是为人类变异检测开发，对于动植物重测序分析有些尴尬。不过好在植物群体研究不必那么精细，用同样的工具也可做分析。 地址：https://github.com ...

前言 拷贝数变异（copy number variation ,CNV）是指基因组上某些大片段的拷贝数增加或减少，可分为缺失（deletion）和重复（duplication）两种类型。CNV是一种基因组结构变异，可通过改变基因剂量和转录结构 ...

前言 SV（大片段结构变异）指在基因组水平上大片段的insertion,deletion,inversion,translocation,duplication等变异。 　　SV检测分重测序部分和基因组部分，重测序又分二代测序数据和三代测序数据之分。每种分析方法用到 ...

Step-1: Run varscan2 on normal-tumor-mpileup and make copy-number call.java -jar $varscan copynumber ...

一、背景 在维护Linux服务器的时候，我们有时需要拷贝Windows下的文件到服务器，这个时候我们需要如何通讯呢？ 在虚拟机中，我们有时候需要和本机进行数据的交互，可能会繁琐通过网络传送数据，或者直接通过U盘这样的方式在本机和虚拟机之间进行数据的交互。 二、过程 Windows下 ...

JAVA数组的复制是引用传递，而并不是其他语言的值传递。 这里介绍java数组复制的4种方式极其问题： 第一种方式利用for循环： int[] a={1,2,4,6}; i ...

文章题目：Patchwork: allele-specific copy number analysis of whole-genome sequenced tumor tissue 特点： 可以检测配对样本，也可以检测带reference的tumor样本。但是没有考虑肿瘤异质性问题。使用 ...