测序深度和覆盖度（Sequencing depth and coverage）
总是跑数据，却对数据一无所知，这说不过去吧。 看几篇文章吧 Sequencing depth and coverage: key considerations in genomic analyses（只讲二代） Assembly of large genomes using ...
原文：四种不同的SNP calling算法call低碱基覆盖度测序数据时，SNVs数量的比较（Comparing a few SNP calling algorithms using low-coverage sequencing data）
摘要：如果不设置任何过滤标准的话，SOAPsnp会call出更多的SNVs AtlasSNP 算法比较严格，因此call出来的SNVs数量是最少的，GATK 和 SAMtools call出来的数量位于SOAPsnp 和 Atlas SNP 之间 四种calling算法的整体一致性是很低的，尤其在non dbSNPs数据库中 GATK 和 Atlas SNP 有较高的阳性call率和灵敏性，GAT ...
2018-01-10 15:36 0 1831 推荐指数：
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