详见:http://blog.shenwei.me/local-blast-installation/ Linux系统中NCBI BLAST+本地化教程 本文面向初学者(最好还是懂得基本的linux使用),高手可直接忽视。不介绍Windows系统中的安装方法 ...
一 软件配置 curl Oftp: ftp.ncbi.nlm.nih.gov blast executables blast LATEST ncbi blast . . x linux.tar.gz tar zxvfncbi blast . . x linux.tar.gz echo export PATH PATH: src ncbi blast . . bin gt gt .bashrc so ...
2018-01-05 15:20 0 1414 推荐指数:
详见:http://blog.shenwei.me/local-blast-installation/ Linux系统中NCBI BLAST+本地化教程 本文面向初学者(最好还是懂得基本的linux使用),高手可直接忽视。不介绍Windows系统中的安装方法 ...
基本局部比对搜索工具 (BLAST) 可查找两个序列之间具有局部相似性的区域。该程序将核苷酸或蛋白质序列与序列数据库进行比较,并计算匹配的统计显着性。BLAST 可用于推断序列之间的功能和进化关系,以及帮助识别基因家族的成员。 下载与安装 下载地址:https ...
软件下载 BLAST+的一般用法如下: 格式化数据库 参数说明: -in:待格式化的序列文件 -dbtype:数据库类型,prot或nucl -out:数据库名 蛋白序列比对蛋白数据库(blastp) 参数说明: -query: 输入文件路径及文件名 -out:输出文件路径 ...
链接:http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=830496&do=blog&quickforward=1&id=640600 Linux下BLAST+的本地化(NCBI-BLAST ...
简介 NCBI除了提供在线的Web BLAST序列比对服务外,还提供FTP方式下载序列比对工具。这允许在本地平台上针对从NCBI下载或本地创建的数据库执行BLAST搜索。这些实用程序没有图形用户界面,通过类似DOS的命令窗口运行,并通过基于文本的命令行开关接受输入 ...
环境准备 环境: Ubuntu 16.04 | go 1.7.4 | docker 17.03.0-ce 版本: Fabric v1.0.0-alpha 环境变量: GOPATH ...
如何下载NCBI blast数据库? 有哪些可供下载的blast数据库? blast如何使用? blast构建索引 | makeblastdb ...
blast+本地化的构建对于流程化处理大量数据序列很方便,blast+是将blast模块化,分为了蛋白质序列比对蛋白数据库(blastp)、核酸序列比对核酸数据库(blastn)、核酸序列比对蛋白质数据库(blastx)、蛋白质比对翻译后的核酸数据库(tblastn)、 翻译后的核酸序列比对翻译 ...