一、DNA甲基化简介 1 、概念：DNA甲基化是一种重要的表观遗传，是指DNA被化学小分子修饰的一种方式，即甲基（-CH3）共价结合到脱氧核糖核苷酸上，可以不改变脱氧核糖核苷酸序列而引起基因表达的的改变。 2 、发生位点：真核生物常见的甲基化位点有CpG（最主要）、CHG（H指A/T/C ...

甲基化问题锦集 【2017-02-18】 今天小编和大家聊聊甲基化。 问：什么是表观遗传修饰？ 答：基因组表观遗传修饰主要包括DNA甲基化修饰与核小体中组蛋白的修饰等，使得被修饰DNA ...

样本间的相关性，可以反映公司加样时是否存在重复加样的错误。 下面简要介绍一下如果利用甲基化数据计算样本间的相关性 1、提取甲基化探针的snp位点、CpG的beta值 下面用的示例文件是minfi包自带的。 如果是自己的数据，那么提取甲基化snp位点用的是没有经过过滤的原始数据 ...

转自声明的奥秘 www.lifeomics.com DNA甲基化与肿瘤发生： DNA甲基化水平和模式的改变是肿瘤发生的一个重要因素。这些变化包括CpG岛局部的高甲基化和基因组DNA低甲基化状态。如图1左所示，在正常细胞中，位于抑癌基因启动子区域的CpG岛处于 ...

（noncoding RNA）两大类，这些RNA转录后会发生各种修饰，包括N6-腺苷酸甲基化（N6-me ...

参考资料： 1.医学分子生物学 第六章 第一节 表观遗传学-甲基化 2.医学分子生物学 第六章 第二节 表观遗传学-组蛋白修饰 3.组蛋白修饰是个啥 1.什么是表观遗传学？ 举个例子：同卵双生的双胞胎个体，从遗传学角度说他们的DNA序列是一致的，但多种表型存在一些差异。经典的孟德尔遗传定律 ...

最近在分析甲基化数据，发现ChAMP包的输入端是beta（甲基化数据）和pheno（表型数据），找不到校正协变量（比如年龄、性别、批次等）的输入端。 如下代码所示： 查了一下ChAMP包的代码，发现ChAMP包调用的是limma函数。 因此，这事就比较好解决了。 只需要在原代码 ...