用blastall进行序列比对 blastall是最常用的blast程序之一，其功能非常强大，其下面有非常多的参数，但是一般使用的参数如：-p、-i、-d、-o、-e等几个。 -p: 执行的程序名称 -d: 搜索的数据库名称 -i : 要查询的序列文件名(Query File ...

;ClustalW）。因此，推荐使用 MAFFT 软件进行多序列比对。 安装 ...

今天在使用muscle 软件进行多序列比对时，发现输出的结果全部为gap, 而且还没有明显的报错信息 找了很久之后，终于发现了问题 muscle 为了追求速度，对输入序列的个数和长度进行了限制 下面是官方说明文档中的原话： 我的输入序列长度为5k 左右, 最终输出的结果全部为gap ...

blastn 多加上 -task blastn-short -word_size 7 -evalue 1 -task：设置比对模式，通常情况会有一个默认task，这里要设置为blastn-short -word_size：尽可能小，这里设为7 -evalue：类似于p值的一个指标，越小说明越 ...

文章转载于 Original 2017-07-11 liuhui 生信百科 多序列比对（或多序列联配，multiple sequence alignment，MSA），是指把多条（3 条或以上）有系统进化关系的蛋白质或核酸序列进行比对，尽可能地把相同的碱基或氨基酸残基排在同一 ...

生物信息学原理作业第二弹：利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对。 具体原理：https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm。 利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局 ...

【实验目的】 1、熟悉构建分子系统发生树的基本过程，获得使用不同建树方法、建树材料和建树参数对建树结果影响的正确认识； 2、掌握使用Clustalx进行序列多重比对的操作方法； 3、掌握使用Phylip软件构建系统发生树的操作方法。 【实验原理】 在现代分子进化研究中，根据现有生物基因 ...

Aligning Sequences In this tutorial, we will show how to create a multiple sequence alignm ...