原文:vegan 包进行Adonis 分析

Adonis 分析 是基于距离矩阵的多变量方差置换分析, 代码示例: 默认使用bray 距离来计算样本间的距离矩阵 参考资料: https: www.rdocumentation.org packages vegan versions . topics adonis https: pdfs.semanticscholar.org e b aa f afdea edf f d.pdf ...

2017-12-18 10:51 0 2452 推荐指数:

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vegan 进行 Bioenv 分析

Bioenv 分析通过 计算样本群落结构的距离矩阵和 环境因子的距离矩阵,计算两个距离之间的相关系数,挑选出最佳的环境因子组合; 默认情况下,计算 群落结构的距离矩阵时, 使用 Bray-Curtis 距离; 计算环境因子的距离矩阵时,使用Euliodean 欧式距离 ...

Fri Dec 15 23:44:00 CST 2017 0 1936
安装R语言扩展vegan

这周的作业我开始得好迟啊。。。然而还是要努力做啊。。。 ××××××××××××××我是萌萌哒分割线×××××××××××××××××××××××××××××××××××× 首先,百度进入官方页面,看到这些: 也就是说,需要先安装permute和lattice。那么,如何安装 ...

Sat Nov 05 03:49:00 CST 2016 0 4301
R语言 vegan计算物种累计曲线

vegan 进行群落数据分析最常用的R,其中的 specaccum 函数用来计算物种的累计曲线 首先看下官方示例: 出来的结果图如下: 那么这幅图表明了什么含义呢? 首先看下输入数据 我们简单的看一下BCI这个数据,它的每一行代表了一个样本,不同样 ...

Tue Nov 14 23:12:00 CST 2017 0 3847
使用golang的pprof对程序进行性能分析

程序经常出现OOM错误,然后关键字"go pprof"搜到文章<Go程序性能分析pprof>,该文章第二步说运行程序后会生成profile文件,但是编译运行后发现生成的profile文件大小一直为0,然后关键字"go pprof profile is empty"搜到文章 ...

Sat Jun 02 03:56:00 CST 2018 0 1148
对B站各种数据进行分析

写在前面:现今绝大多数的网站都使用js来加载数据,传统的请求方法很难再奏效,对动态数据的爬取现在大都分为两类爬取方法: 1. 使用Selinium等自动化测试软件去模拟浏览器,这种方法几乎可以适用于所有网站,但是缺点是效率速度太慢了,如果有别的爬取方法,优先采用其他。 2. 对网页直接进行 ...

Wed Jul 17 17:22:00 CST 2019 1 4314
R randomForest 进行随机森林分析

randomForest 提供了利用随机森林算法解决分类和回归问题的功能;我们这里只关注随机森林算法在分类问题中的应用 首先安装这个R 安装成功后,首先运行一下example 通过查看函数的帮助文档,可以看到对应的example ...

Mon Aug 14 23:10:00 CST 2017 0 4606
python scipy进行GO富集分析p值计算

最近总是有需要单独对某一个类型的通路进行超几何分布的p值计算,这里记录一下python的计算方法 使用scipy的stat里面的hypergeom.sf方法进行富集分析的p值计算 hsaxxxxx AA and Linoleic metabolism KEGG pathways ...

Thu Aug 22 19:25:00 CST 2019 0 909
 
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