Adonis 分析 是基于距离矩阵的多变量方差置换分析, 代码示例: 默认使用bray 距离来计算样本间的距离矩阵 参考资料: https://www.rdocumentation.org/packages/vegan/versions/2.4-2/topics ...
Bioenv 分析通过 计算样本群落结构的距离矩阵和 环境因子的距离矩阵,计算两个距离之间的相关系数,挑选出最佳的环境因子组合 默认情况下,计算 群落结构的距离矩阵时, 使用 Bray Curtis 距离 计算环境因子的距离矩阵时,使用Euliodean 欧式距离, 计算相关性,则采用 spearman 相关系数 示例用法: 从上面的结果可以看出,最佳的环境因子的组合是P Ca Al , 因为其相 ...
2017-12-15 15:44 0 1936 推荐指数:
Adonis 分析 是基于距离矩阵的多变量方差置换分析, 代码示例: 默认使用bray 距离来计算样本间的距离矩阵 参考资料: https://www.rdocumentation.org/packages/vegan/versions/2.4-2/topics ...
这周的作业我开始得好迟啊。。。然而还是要努力做啊。。。 ××××××××××××××我是萌萌哒分割线×××××××××××××××××××××××××××××××××××× 首先,百度进入官方页面,看到这些: 也就是说,需要先安装permute和lattice包。那么,如何安装 ...
vegan 包是进行群落数据分析最常用的R包,其中的 specaccum 函数用来计算物种的累计曲线 首先看下官方示例: 出来的结果图如下: 那么这幅图表明了什么含义呢? 首先看下输入数据 我们简单的看一下BCI这个数据,它的每一行代表了一个样本,不同样 ...
准备工具 : 1 Charles : https://www.charlesproxy.com (收费) 2 夜神模拟器 : https://www.yeshen.com (免费 ...
最近总是有需要单独对某一个类型的通路进行超几何分布的p值计算,这里记录一下python包的计算方法 使用scipy的stat里面的hypergeom.sf方法进行富集分析的p值计算 hsaxxxxx AA and Linoleic metabolism KEGG pathways ...
目录 1. 加载表达矩阵 2. 创建样本分类表 3. 加载limma包,构建如下矩阵 4. 规定哪一组数据与哪一组数据比较 5. 获取差异表达数据 6. 导出差异表达数据 1. 加载表达矩阵 2. 创建样本分类表 获得类似 ...
程序经常出现OOM错误,然后关键字"go pprof"搜到文章<Go程序性能分析pprof>,该文章第二步说运行程序后会生成profile文件,但是编译运行后发现生成的profile文件大小一直为0,然后关键字"go pprof profile is empty"搜到文章 ...
写在前面:现今绝大多数的网站都使用js来加载数据,传统的请求方法很难再奏效,对动态数据的爬取现在大都分为两类爬取方法: 1. 使用Selinium等自动化测试软件去模拟浏览器,这种方法几乎可以适用于所有网站,但是缺点是效率速度太慢了,如果有别的爬取方法,优先采用其他。 2. 对网页直接进行抓包 ...