转录组差异表达分析小实战（二）
转录组差异表达分析小实战（二） Posted: 八月 14, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 差异基因表达分析 我按照前面的流程转录组差异表达分析小实战（一），将小鼠的4个样本又重新跑了一遍，从而获得一个新 ...
原文：转录组差异表达分析工具Ballgown
Ballgown是分析转录组差异表达的R包。 软件安装： 运行R， source http: bioconductor.org biocLite.R biocLite ballgown R会自动安装Ballgown，及相应的依赖包。 Ballgown的输入文件 StringTie使用 B参数直接生成Ballgown的输入文件，Cufflinks的输出结果需要使用Tablemaker生成Ballg ...
2017-12-13 12:37 0 3077 推荐指数：
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使用RSEM进行转录组测序的差异表达分析
仍然是两年前的笔记 1. prepare-reference 如果用RSEM对比对后的bam进行转录本定量，则在比对过程中要确保比对用到的索引是由rsem-prepare-reference产生的。 可以看到，单纯用bowtie2建的索引和rsem调用bowtie2建的索引 ...
【转录组入门】7：差异基因分析
作业要求： 使用R语言，载入表达矩阵，然后设置好分组信息，统一用DEseq2进行差异分析，当然也可以走走edgeR或者limma的voom流程。 基本任务是得到差异分析结果，进阶任务是比较多个差异分析结果的异同点。 【1】安装DESeq2 DESeq2对于输入数据 ...
HISAT2,StringTie，Ballgown处理转录组数据
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【转录组入门】8：差异基因结果注释
作业要求： 我们统一选择p<0.05而且abs(logFC)大于一个与众的基因为显著差异表达基因集，对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析。 然后把表达矩阵和分组信息分别作出cls和gct文件，导入到GSEA软件分析。 基本任务是完成这个分析。 【1】环境 ...
转录组（八）：差异基因注释
引入clusterProfiler与注释数据 GO(gene ontology)分析 GO，Gene Ontology，是基因功能国际标准分类体系。它旨在建立一个适用于各种物种的，对基因和蛋白质功能进行限定和描述的，并能随着研究不断深入而更新的语言词汇标准。GO分为分子功能 ...