很早就知道有全局比对和局部比对这两种比对方法，都是用到的动态规划的思想，知道一些罚分矩阵的概念，但一直都没有机会搞透彻，一些算法的细节也不太清楚，也没有亲手编程实现。 现在由于项目需求，需要手动写一个简单的全局和局部比对的程序，同时得知团队里有个大牛早就用Perl实现了，看了一下他的代码也才 ...

Needleman–Wunsch 算法的代码实现 ...

本文介绍基于最长公共子序列的文本比较算法——Needleman/Wunsch算法。还是以实例说明：字符串A=kitten，字符串B=sitting那他们的最长公共子序列为ittn（注：最长公共子序列不需要连续出现，但一定是出现的顺序一致），最长公共子序列长度为4。 和LD算法 ...

Needleman-Wunsch算法是基于动态规划算法的序列比对算法。 生信课上学的算法，课下闲来无事，用Python实现一下。 ...

BWT算法，实质上是前缀树的一种实现。那么什么是前缀树呢？ 一、前缀树 对于问题p in S？如果S=rpq，那么p为S前缀rp的一个后缀。 于是，为了判断p in S 是否成立，我们找到S的所有前缀，然后逐一判断p是不是它们的后缀。为了加快效率，我们将所有的前缀建成一颗树，这棵树便是 ...

生物信息原理作业第三弹：DNA序列局部比对，利用Smith–Waterman算法，python3.6代码实现。 实例以及原理均来自https://en.wikipedia.org/wiki/Smith%E2%80%93Waterman_algorithm。 DNA序列局部比对 转载请保留 ...

一、Needleman-Wunsch 算法 　　尼德曼-翁施算法（英语：Needleman-Wunsch Algorithm）是基于生物信息学的知识来匹配蛋白序列或者DNA序列的算法。这是将动态算法应用于生物序列的比较的最早期的几个实例之一。该算法是由 Saul B. Needlman ...

用blastall进行序列比对 blastall是最常用的blast程序之一，其功能非常强大，其下面有非常多的参数，但是一般使用的参数如：-p、-i、-d、-o、-e等几个。 -p: 执行的程序名称 -d: 搜索的数据库名称 -i : 要查询的序列文件名(Query File ...