原文:从细菌GFF文件提取CDS序列并转换为氨基酸序列

最近在上生物信息学原理,打算记录一些课上的作业。第一次作业:如题。 基本思路: .从GFF中读取CDS的起始终止位置以及正负链信息。GFF格式见 http: blog.sina.com.cn s blog a f e yd l.html. .利用起始 终止位置等信息从FNA文件中提取CDS序列。FNA格式见 http: boyun.sh.cn bio p . .利用CDS序列及密码子表得到FAA文 ...

2017-11-26 22:34 1 2429 推荐指数:

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核苷氨基酸蛋白序列转换的工具

在线序列转换的工具: Nucleotide Sequence Translation Protein Sequence Back-translation http://bio.lundberg.gu.se/edu/translat.html http://www.ebi.ac.uk ...

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shell实现碱基/氨基酸序列提取(sed,grep,awk三大利器走向天下)

假定存在file.fa文件,其序列如下所示: 现在有四个任务,分别如下所示: 任务一:提取包含“RBFOX1”字符的序列 第一步:sed -i '/>/i\@' file.fa file.fa指的是包含所有序列文件;这一步的意思是在以">"开头的字符串前一行 ...

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【Python小试】计算蛋白序列中指定氨基酸所占的比例

编码 解析 Python assert(断言)用于判断一个表达式,在表达式条件为 False 的时候触发异常。 断言可以在条件不满足程序运行的情况下直接返回错误,而不必等待程序运行后出现崩溃的 ...

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支链氨基酸

蛋白质中的三种常见氨基酸,即亮氨酸、 缬氨酸和异亮氨酸的统称支链氨基酸(BCAA),所以又可称复合支链氨基酸。 这类氨基酸以两种特殊方式促进合成代谢(肌肉增长):①促进胰岛素释放,②促进生长激素释放。支链氨基酸中最重要的是 亮氨酸,即酮异己酸(KIC)和HMB的前身。KIC ...

Fri May 04 00:24:00 CST 2018 0 906
支链氨基酸怎么吃

支链氨基酸的食用方法   支链氨基酸有很多可以服用的时间,比如力量训练开始的时候,马上就要做有氧运动的时候,以及健身活动结束的时候,还有很多人选择在睡觉之前。   不用精确到具体多少分钟,因为支链氨基酸不是需要计算峰值作用的补剂,它可以被储存在身体里。力量训练开始前,换完衣服吃几个支链 ...

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