一:导入R包及需要画热图的数据 library(pheatmap) data<- read.table("F:/R练习/R测试数据/heatmapdata.txt",head = T,row.names=1,sep="\t") 二:画图 1)pheatmap(data)#默认参数 ...
如何利用R包qqman画曼哈顿图 lili生信人 众多周知,R语言提供了各种各样的包,方便实现我们的目的,下面给大家介绍一个可以便捷的画曼哈顿图的包:qqman install.packages qqman 安装包 library qqman 加载包 data package qqman 查看qqman包中的测试数据,此包中包含gwasResultssnpsOfInterest 两个测试数据 V ...
2017-11-23 13:14 0 4976 推荐指数:
一:导入R包及需要画热图的数据 library(pheatmap) data<- read.table("F:/R练习/R测试数据/heatmapdata.txt",head = T,row.names=1,sep="\t") 二:画图 1)pheatmap(data)#默认参数 ...
欢迎来到"bio生物信息"的世界 之前的推文GWAS: 曼哈顿图,QQ plot 图,膨胀系数( manhattan、Genomic Inflation Factor)写过如何用qqman包做曼哈顿图。 但众所周知(据我说知),这个包画图很丑,尤其想highlight显著位点时,屎一样的绿色让人 ...
d3network包 http://www.cnblogs.com/shangfr/p/5417054.html ShangFR 2016年5月6日 R d3network包 力导向图 桑基图(Sankeydiagram ...
d3network包 code{white-space: pre;} pre:not([class]) { background-color: white; } .main-container { max-width: 940px ...
1.用qplot(x,data=data,geom.=”bar”,weight=y)+scale_y_continuous("y")画出y关于x的条形。 图中提示binwidth这里是指 ...
qqman软件包简介 所述qqman包包括用于从GWAS结果创建曼哈顿地块和qq函数作图。gwasResults软件包中包含的data.frame具有22个染色体上的16,470个SNP的模拟结果。看一下数据: 每个染色体上有几个SNP? 创建曼哈顿图 现在 ...
1.生存曲线 基础包survival+扩展包survminer。 survival包内置肺癌数据集lung。 生存曲线进一步修饰。 其他类型生存曲线绘制。 fun参数默认pct (survival probability in percentage),即累计生存率,此外fun ...
一开始用lattice包,感觉在多元数据的可视化方面,确实做得非常好。各种函数,可以实现任何想要实现的展示。 barchart(y ~ x) y对x的直方图 bwplot(y ~ x) 盒形图 ...