原文:C++使用htslib库读入和写出bam文件

有时候我们需要使用C 处理bam文件,比如取出read 或者read 等符合特定条件的序列,根据cigar值对序列指定位置的碱基进行统计或者对序列进行处理并输出等,这时我们可以使用htslib库。htslib可以用来处理SAM, BAM,CRAM 和VCF文件,是samtools bcftools的核心库。 cigar值存储形式 位int,通过bam get cigar获得地址,aln gt c ...

2017-11-15 20:56 0 1189 推荐指数:

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C++读入XML文件

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c++读入txt文件(转)

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c++读入优化

对于输入数据非常大的一些可(变)爱(态)题目,scanf就会大大拖慢程序的运行速度,cin就更不用说了,所以我们要用一种高大上的东西——读入优化。 读入优化的原理其实就是一个一个字符的读入,再组成 ...

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Python命令行参数以及文件读入写出

Python命令行参数以及文件读入写出 感觉这段时间要递归式学习了orz(不得不说柯老板这个选题真的无敌),每次都是查着查着回过神就十几个窗口了。 我自己在代码学习这块经常是把相关博客的链接还有一些代码以及知乎等网站的部分讲解搬运到一个word上,显然这种方法非常的懒……我如果要回顾某一块知识 ...

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读入输出优化_C++

  当我们考试时遇到大量的读入或者输出时,这些代码会耗费许多运行程序的时间,导致TL   本来 log2n 的算法因为读入被卡成线性的就太不划算了,所以我们这里要采用读入输出优化   getchar 和 putchar 是最快的读入输出方式,变量名尽量用一些不是很常用的,以免冲突 ...

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