DNA序列组装（贪婪算法）
生物信息学原理作业第四弹：DNA序列组装（贪婪算法） 原理：生物信息学（孙啸） 大致思想： 1. 找到权值最大的边； 2. 除去以最大权值边的起始顶点为起始顶点的边； 3. 除去以最大权值边为终点为终点的边； 4. 重复上述步骤，得到所有 ...
原文：DNA序列对齐问题
一 问题描述 该问题在算法导论中引申自求解两个DNA序列相似度的问题。 可以从很多角度定义两个DNA序列的相似度，其中有一种定义方法就是通过序列对齐的方式来定义其相似度。 给定两个DNA序列A和B，对齐的方式是将空格分别插入到A和B序列中，得到具有相同长度的对齐后的序列C和D 空格可以插入到任意的位置 包括两端 ，但是相同位置不能同时为空格，也即是不存在C i 和D i 同时为空格的情况。然后为对 ...
2017-11-12 20:45 2 2262 推荐指数：
相关推荐
[LeetCode] 187. Repeated DNA Sequences 求重复的DNA序列
All DNA is composed of a series of nucleotides abbreviated as A, C, G, and T, for example: "ACGAATTCCG". When studying DNA, it is sometimes useful ...
DNA序列局部比对（Smith–Waterman algorithm）
生物信息原理作业第三弹：DNA序列局部比对，利用Smith–Waterman算法，python3.6代码实现。 实例以及原理均来自https://en.wikipedia.org/wiki/Smith%E2%80%93Waterman_algorithm。 DNA序列局部比对 转载请保留 ...
利用python求一段DNA序列的互补序列
代码如下： 这是将从一个txt文件中导入序列，然后将互补后的结果输出到另外一个文件中。 如果一个段序列不长，直接中python交互式界面完成感觉更方便 先定义的一个字典： complement = {'C': 'G', 'G': 'C', 'T ...
DNA sequence open reading frames (ORFs) | DNA序列的开放阅读框ORF预测
给定的阅读框架中，不包含终止密码子的一串序列。这段序列是生物个体的基因组中，可能作为蛋白质编码序列的部分。 ...
关于n对碱基的DNA种类数问题
关于n对碱基的DNA种类数问题 UPDATE 2020-2-29 经过一些同学的疑问后，我对此条目也发生了一些怀疑。 这种算法是基于，“ 两条链只是互相反向，但是不能区分 ” 这个观点来算的。 但是实际情况往往有很多可以区分的方法，比如有义链，着丝点等等，所以近似 \(4^n ...
利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对
生物信息学原理作业第二弹：利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对。 具体原理：https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm。 利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局 ...