原文:complexHeatmap包画分类热图

用途:一般我们画热图是以连续变量作为填充因子,complexHeatmap的oncopoint函数可以以类别变量作为填充因子作热图。 用法:oncoPrint mat, get type function x x,alter fun alter fun list, alter fun list NULL, col,row order oncoprint row order ,column orde ...

2017-11-08 15:10 0 2473 推荐指数:

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ComplexHeatmap 绘制肿瘤突变分布

来源:https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/ 安装 7.2 Apply to cBioPortal dataset 通过使用实际数据展示oncoPring()的优势。数据来源于cBioPortal。执行步骤 ...

Wed Sep 11 18:36:00 CST 2019 1 2164
用R中heatmap画

一:导入R及需要画的数据 library(pheatmap) data<- read.table("F:/R练习/R测试数据/heatmapdata.txt",head = T,row.names=1,sep="\t") 二:画图 1)pheatmap(data)#默认参数 ...

Fri Jun 08 04:27:00 CST 2018 1 4060
ComplexHeatmap|根据excel表绘制突变景观(oncoplot)

本文首发于“生信补给站”:https://mp.weixin.qq.com/s/8kz2oKvUQrCR2_HWYXQT4g 如果有maf格式的文件,可以直接oncoplot绘制瀑布,有多种展示和统计maftools | 从头开始绘制发表级oncoplot ...

Thu Jun 18 02:51:00 CST 2020 0 896
R绘图(2): 离散/分类变量如何画/方块

相信很多人都看到过上面这种方块,有点像“华夫饼”的升级版,也有点像“”的离散版。我在一些临床多组学的文章里面看到过好几次这种,用它来展示病人的临床信息非常合适,我自己也用R或者AI画过类似的。今天给大家演示一下,如何用ggplot2里面的geom_tile函数画这种。 先构造 ...

Sun Jan 03 01:56:00 CST 2021 0 684
使用GenVisR进行驱动突变的绘制

使用GenVisR进行驱动突变的绘制 介绍 通过热显示突变的整体情况 代码讲解 加载,读入数据 它的输入数据’drivers_lung.txt’部分如下 代码如下 这里用GenVisR的waterfall函数进行突变的瀑布绘制 ...

Fri Nov 13 06:44:00 CST 2020 0 446
Origin2017画分组柱状

用Origin2017画分组柱状,由于分组较多(10个组),每个组内的数据也很多(14条记录),因此需要画一个比较宽的柱状才好看,操作如下: 1、输入好数据,直接绘制【柱状】; 2、此时,绘出的柱状,是个正方形的,分组太密集,看不清楚。将鼠标放在坐标区域的外部的任一空白位置 ...

Fri May 01 04:56:00 CST 2020 0 2639
 
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