原文:Needleman-Wunsch算法Python代码实现

Needleman Wunsch算法是基于动态规划算法的序列比对算法。 生信课上学的算法,课下闲来无事,用Python实现一下。 ...

2017-10-16 17:56 0 1749 推荐指数:

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Global Alignment(全局比对)--从算法Needleman-Wunsch)到python实现

很早就知道有全局比对和局部比对这两种比对方法,都是用到的动态规划的思想,知道一些罚分矩阵的概念,但一直都没有机会搞透彻,一些算法的细节也不太清楚,也没有亲手编程实现。 现在由于项目需求,需要手动写一个简单的全局和局部比对的程序,同时得知团队里有个大牛早就用Perl实现了,看了一下他的代码也才 ...

Thu Nov 10 20:45:00 CST 2016 0 3709
文本比较算法Needleman/Wunsch算法

本文介绍基于最长公共子序列的文本比较算法——Needleman/Wunsch算法。还是以实例说明:字符串A=kitten,字符串B=sitting那他们的最长公共子序列为ittn(注:最长公共子序列不需要连续出现,但一定是出现的顺序一致),最长公共子序列长度为4。 和LD算法 ...

Tue Sep 16 01:05:00 CST 2014 0 3277
利用NeedlemanWunsch算法进行DNA序列全局比对

生物信息学原理作业第二弹:利用NeedlemanWunsch算法进行DNA序列全局比对。 具体原理:https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm。 利用NeedlemanWunsch算法进行DNA序列全局 ...

Mon Nov 27 21:32:00 CST 2017 1 4261
字符串与模式匹配算法(六):NeedlemanWunsch算法

一、Needleman-Wunsch 算法   尼德曼-翁施算法(英语:Needleman-Wunsch Algorithm)是基于生物信息学的知识来匹配蛋白序列或者DNA序列的算法。这是将动态算法应用于生物序列的比较的最早期的几个实例之一。该算法是由 Saul B. Needlman ...

Wed Nov 20 06:52:00 CST 2019 0 347
CatBoost算法和GPU测试(python代码实现

python风控建模实战lendingClub(博主录制,catboost,lightgbm建模,2K超清分辨率) https://study.163.com/course/courseMain.htm?courseId=1005988013&share=2&shareId ...

Sun Jul 01 21:28:00 CST 2018 0 6637
逆波兰算法-python代码实现

1,逆波兰算法简介 假定给定一个只 包含 加、减、乘、除,和括号的算术表达式,你怎么编写程序计算出其结果? 问题是:在表达式中,括号,以及括号的多层嵌套 的使用,运算符的优先级不同等因素,使得一个算术表达式在计算时,运算顺序往往因表达式的内容而定,不具规律性。 这样很难编写出统一的计算指令 ...

Wed Oct 28 00:39:00 CST 2020 0 388
KNN分类算法python代码实现

KNN分类算法(先验数据中就有类别之分,未知的数据会被归类为之前类别中的某一类!) 1、KNN介绍 K最近邻(k-Nearest Neighbor,KNN)分类算法是最简单的机器学习算法。 机器学习,算法本身不是最难的,最难的是: 1、数学建模:把业务中的特性抽象成向量的过程; 2、选取 ...

Tue Jul 11 23:58:00 CST 2017 2 26098
 
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