何为功能富集分析? 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的。换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生物学表型关联起来。 何为GO和KEGG? 为了解决将基因按照功能进行分类的问题,科学家们开发 ...
利用DAVID简单的进行GO富集度分析 这里只做简单的分析,即看基因是否存在在GO的三个过程里面 比如我们有一组要分析的基因:TRPV CXADR PROM GRAMD SOX GPRIN VANGL GRHL BCL A MROH 这里用的是关于人的基因名 首先打开DAVID网页,选择Functional Annotation: 在左边的框里面按提示输入,步骤 ,输入你的ID号,这里可以是基因 ...
2017-09-30 18:47 0 9404 推荐指数:
何为功能富集分析? 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的。换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生物学表型关联起来。 何为GO和KEGG? 为了解决将基因按照功能进行分类的问题,科学家们开发 ...
http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的简称,是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目,从分子功能(molecular function)、生物学过程(biological process ...
1、安装bioconductor及go分析涉及的相关包 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") biocLite("DO.db ...
随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多样性倾斜。通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析,研究相应基因在生物体内的功能,阐明 ...
前言 一般我们挑出一堆感兴趣的基因想临时看看它们的功能,需要做个富集分析。虽然公司买了最新版的数据库,如KEGG,但在集群跑下来嫌麻烦。这时网页在线或者本地化工具派上用场了。 DAVID DAVID地址 以前我会首选DAVID,原因是方便简单。有人说它数据库更新慢,不准 ...
,这一套下来,基本的基因分析软件都安装好了。 包括两两比对软件:blast,diamond。# ...
edgeR的介绍 背景 RNA-seq表达谱与生物复制的差异表达分析。 实现一系列基于负二项分布的统计方法,包括经验贝叶斯估计,精确检验,广义线性模型和准似然检验。 与RNA-seq一样,它可用于产生计数的其他类型基因组数据的差异信号分析,包括ChIP-seq,Bisulfite-seq ...
在研究两对基因的杂交的时候,往往会遇到不完全遵循孟德尔遗传分离比的情况,甚至有极其明显的差距。因此,我们在解答问题或研究时应该注意连锁现象。 1.连锁 在此我们以玉米为例作为研究对象研究。 why?:1)可观察性状较多。2)同一株有较多种子,便于计数分析。3)雌雄 ...