原文:Pathway富集分析气泡图

data.tsv gt pathway read.table data.tsv ,header T, sep t gt library ggplot gt p ggplot pathway,aes Pvalue,Pathway gt p p geom point gt p p geom point aes size Count gt pbubble p geom point aes size C ...

2017-09-18 16:07 0 5458 推荐指数:

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基因探针富集分析(GSEA)& GO & pathway

http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的简称,是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目,从分 ...

Thu Aug 07 01:18:00 CST 2014 0 4301
excel之富集分析制作

excel之富集分析制作 最终效果: 原始数据: 步骤: 1.数据处理 1.1 将PV数据分组,用来创建不同颜色的柱状图例 数据处理结果:(每类数据一列。将该列其他数据删除后将不显示在图标上。) 1.2创建辅助列,用于充当折线图的x轴,将折线图改为纵向 ...

Wed Dec 01 03:43:00 CST 2021 0 836
用网络展示富集分析

这期推文的封面是一张富集分析的网络,来自文献:Single cell RNA sequencing of human liver reveals distinct intrahepatic macrophage populations,算是比较新颖的富集展示方法,是用Cytoscape做的 ...

Fri Apr 02 08:23:00 CST 2021 0 412
pathway-pathway network 网络分析

对于pathway 数据库而言,我们最常见的就是利用KEGG 富集分析挖掘其中的信息,得到显著富集的几条通路; 对于代谢通路而言,不同的通路之间是会有相互关系的,比如在上游的通路中产生的代谢产物,进入下游的通路继续发挥作用。 pathwaypathway 之间存在一个上下游的关系,所有 ...

Fri Feb 23 23:17:00 CST 2018 0 1317
ggplot2 GO富集分析条形

参考博客 http://blog.sciencenet.cn/blog-3406804-1166293.html 四个参数用于控制坐标轴与作图区域的位置 scale_x_discrete( ...

Tue Jan 21 19:37:00 CST 2020 0 1685
ggplot2绘制GO富集分析柱状

1.使用clusterProfiler包进行GO富集分析 使用clusterProfiler的enrichGO函数来获取GO分析 可以看到GO富集分析条目一共有769条属于BP,51条属于CC,32条属于MF 2.ggplot2绘制GO分析条目 1. ...

Mon Jan 06 02:39:00 CST 2020 0 9465
GO富集分析

  GO的主要用途之一是对基因组进行富集分析。例如,给定一组在特定条件下上调的基因,富集分析将使用该基因组的注释发现哪些GO术语被过度表示(或未充分表示)。   富集分析工具   用户可以直接从GOC网站的主页进行浓缩分析。此服务连接到PANTHER分类系统 ...

Sun Dec 16 00:52:00 CST 2018 1 8734
 
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