扩增子分析QIIME2-1简介和安装
QIIME2是微生物组分析流程QIIME(截止17.7.13被引7771次)的全新版(不是升级版)，采用python3全新编写，并于2018年1月全面接档QIIME，是代表末来的分析方法标准(大牛们制定方法标准，我们跟着用就好了)。 安装 安装方法比较简单，参照官网：https ...
原文：扩增子分析QIIME2-2数据导入Importing data
激活工作环境 source activate qiime . 建立工作目录 mkdir p qiime importing tutorial cd qiime importing tutorial 导入带质量值的测序数据 地球微生物组标准混样单端数据 EMP protocol multiplexed single end fastq 此类数据标准包括两个文件，扩展名均为fastq.gz，一个是b ...
2017-09-15 14:16 0 2769 推荐指数：
相关推荐
扩增子分析QIIME2-4分析实战Moving Pictures
本示例的的数据来自文章《Moving pictures of the human microbiome》，Genome Biology 2011，取样来自两个人身体四个部位五个时间点 进入环境 source activate qiime 2-2017.8 ...
扩增子分析解读5物种注释 OTU表操作
本节课程，需要先完成《扩增子分析解读》系列之前的操作 1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类 4去嵌合体 非细菌序列 生成代表性序列和OTU表 分析前准备 ...
扩增子分析解读2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物
本节课程，需要完成 扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并 先看一下扩增子分析的整体流程，从下向上逐层分析 分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾：我们拿到了双端数据，进行了质控、并对实验设计 ...
扩增子分析解读3格式转换 去冗余 聚类
本节课程，需要完成扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并和2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 先看一下扩增子分析的整体流程，从下向上逐层分析 分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾：我们提取 ...
扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并
本文采用目前最主流的扩增子测序数据类型HiSeq2500 PE250类型数据为例，结合目前主流方法QIIME+USearch定制的分析流程。本课程中所需的测序数据、实验设计和课程分析生成的中间文件，均可以直去百度云下载。链接：http://pan.baidu.com/s/1hs1PXcw 密码 ...
扩增子分析解读4去嵌合体 非细菌序列 生成代表性序列和OTU表
本节课程，需要先完成 扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类 先看一下扩增子分析的整体流程，从下向上逐层分析 分析前准备 ...
扩增子图片解读7三元图
三元图/三元相图 Ternary Plot 三元图有6种英文叫法，其中ternary plot最为常用。三元图是重心图的一种，它有三个变量，但需要三者总和为恒定值。在一个 ...