之前的文章：构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb 本地运行blast时，需要指定out format。 常见的网页版blast结果可以参照：Blast结果的详细解析 ...

1、formatdb -i /share/nas1/huangt/project/IsoSeq/BMK170104-E545-03-a/Analysis_T01/MoveRebundant/T01/c ...

1. Blast （1）格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要参数： -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型，是核苷酸序列数据库（F - nucleotide）/蛋白质序列数据库（T – protein ...

blastn 多加上 -task blastn-short -word_size 7 -evalue 1 -task：设置比对模式，通常情况会有一个默认task，这里要设置为blastn-short -word_size：尽可能小，这里设为7 -evalue：类似于p值的一个指标，越小说明越 ...

Blat ​ Blat，全称 The BLAST-Like Alignment Tool，可以称为"类BLAST 比对工具"，对于DNA序列，BLAT是用来设计寻找95%及以上相似至少40个碱基的序列。对于蛋白序列，BLAT是用来设计寻找80%及以上相似至少20个氨基酸的序列。 ​ Blat ...

这是一个尝试性的文章，能不能解决我要解决的问题，并不清楚。 ===本文利用NCBI的blast界面，实现将短序列比对上reference基因组，并实现变异位点可视化。===补言=== 比对常用的是NCBI网站，打开NCBI。（百度 谷歌直接搜索NCBI， 现在中国也在搭建和完善国家生物信息中心 ...

IO家族类层次体系结构横向匹配 上一篇文章中主要介绍了JavaIO流家族的整体设计思路,简单回顾下 基本逻辑涉及数据源 流的方向,以及流的数据形式这三个部分的组合 按照流的数据形式和流的方向,组合而来了四大家族,分别 ...

mysqldiff是mysql官方推荐的库对比工具，MySQL Utilities中的一个脚本。可以比对两个库中缺少的表，相同的表缺少的字段。 1.下载mysqldiff 下载地址：http://downloads.mysql.com/archives/utilities/ 2.下载 ...