原文:RNA-Seq分析软件HTSeq的安装

.本人刚开始安装的时候,先下载相关的软件包,然后安装installtion中的方法安装, 运行的时候老是报错。根据错误提示安装解决方法。也参考了其他的笔友的一些建议, 发现特别麻烦,后来无意中发现有小伙伴用bioconda来安装,一个命令,简单快捷。 .bioconda安装HTSeq操作如下: 下载安装miniconda 即bioconda 。 添加channels 等等 具体步骤参考本人的相关 ...

2017-09-09 19:24 0 1324 推荐指数:

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RNA-seq分析htseq-count的使用

HTSeq作为一款可以处理高通量数据的python包,由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Huber等人携手推出HTSeq — A Python framework to work with high-throughput sequencing ...

Fri Jul 20 06:44:00 CST 2018 0 10994
RNA-seq(9):功能富集分析

这部分开始进行基本的富集分析,两类 A:差异基因富集分析(不需要表达值,只需要gene name) B: 基因集(gene set)富集分析(不管有无差异,需要全部genes表达值 ...

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RNA-Seq分析——KEGG富集分析

入学到现在已经有小半年了,最近正好在做RNA-Seq分析,记录一下自己的成长轨迹。 以下是我用clusterProfiler对拟南芥的差异表达基因做的kegg富集分析: # 载入需要的R包 library(clusterProfiler) # 载入我用edgeR得到的差异表达 ...

Wed Dec 18 05:58:00 CST 2019 0 1512
RNA-seq 数据的简单分析

主要介绍如何分析RNA-seq 数据 参考文档 Wikipedia-RNA-seq paper: RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics TopHat Cufflinks CummeRbund TopHat ...

Fri Oct 09 04:56:00 CST 2015 0 11048
Bulk RNA-seq 转录组分析

Reference : https://cloud.tencent.com/developer/article/1703051 https://blog.csdn.net/weixin_44452 ...

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RNA-seq 基本分析流程

高通量测序技术,就是二代测序,已经成为现代生物学研究的一个较为常规的实验手段。这一技术的发展极大地推动了基因组学,表观基因组学以及翻译组学的研究。RNA-seq 通过测定稳定状态下的RNA样品的序列来对RNA样品进行研究,从而避免了许多之前研究手段的不足,比如象基因芯片或者 PCR 就需要背景知识 ...

Wed Feb 27 02:20:00 CST 2013 2 14247
什么是RNA-Seq (RNA Sequencing)

什么是RNA-Seq (RNA Sequencing) 2011-07-14 ~ ADMIN 随着ome为词尾的各种组学的出现,转录组学已经成为了人们了解生物信息的一个重要组成部分。人们使用了许多办法来掌握转录组的情况,主要分为两类,一类是基于杂交,一类是基于下一代测序技术 ...

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