R语言学习 - 热图简化
绘制热图除了使用ggplot2，还可以有其它的包或函数，比如pheatmap::pheatmap (pheatmap包中的pheatmap函数)、gplots::heatmap.2等。 相比于ggplot2作heatmap, pheatmap会更为简单一些，一个函数设置 ...
原文：R语言学习 - 热图美化
实际应用中，异常值的出现会毁掉一张热图。这通常不是我们想要的。为了更好的可视化效果，需要对数据做些预处理，主要有对数转换，Z score转换，抹去异常值，非线性颜色等方式。 对数转换 为了方便描述，假设下面的数据是基因表达数据， 个基因 a, b, c, d 和 个样品 Grp , Grp , Grp , Grp ，矩阵中的值代表基因表达FPKM值。 data lt c rnorm ,mean , ...
2017-08-30 01:11 0 3268 推荐指数：
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R语言学习 - 热图绘制heatmap
生成测试数据 绘图首先需要数据。通过生成一堆的向量，转换为矩阵，得到想要的数据。 data <- c(1:6, 6:1, 6:1, 1:6, (6:1)/10, ( ...
R语言学习笔记（二）
第一章 R语言介绍 读取，设置当前工作区 setwd("E:\\Desktop\\R Language\\R") getwd() 特殊显示格式 > options(digits=3) #显示小数点后三位 > x<-runif(20) ？ > x [1] 0.329 ...
R语言学习入门
R语言的起源 R语言主要受S语言（ 1976年John Chambers在贝尔实验室创建）和Scheme语言（20世纪70年代在麻省理工学院AI实验室的Guy L. Steele和Gerald Jay Sussman创建）影响发展而来，主要用户为统计学家和数据分析人员，常用于统计分析和图形可视化 ...
R语言学习-igraph
最近用igraph包处理社交网络，有若干技巧。 1.输出图中所有节点 V(g)$name g是相应的图 2.根据节点degree输出节点 V(g)[degree(g)>3] 将图中degree大于3的节点输出 g是相应的图 ...
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本系列是一个新的系列，在此系列中，我将和大家共同学习R语言。由于我对R语言的了解也甚少，所以本系列更多以一个学习者的视角来完成。 参考教材：《R语言实战》第二版（Robert I.Kabacoff），书中所提到的John Cook的优秀博文，关于代码规范的《来自Google的R语言编码风格指南 ...
R语言学习笔记（三）
第四，五章学习总结，这两章主要讲解了R语言的系统函数，例如怎么把缺失值剔除，数据类型的识别和转换，数据集的合并，怎么使用SQL库，函数以及R程序的顺序，选择和循环的实现方式。 缺失值 > manager <- c(1,2,3,4,5) > date<-c ...
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R语言支持很多图形，并且有些图形是非常少见的，可能也因为自己不是专业弄数据分析的所以就孤陋寡闻了，总结下目前学习到的图形。 条形图 这个图比较常见，很多数据统计软件都支持这种图形，这种图形可以很好的展示数据的汇总结果，可以简洁明了的方式表达数据背后的含义 > ...