原文:samtools的用法简介

.SAM sequence Alignment mapping 数据格式是目前高通量测序中存放比对数据的标准格式,当然他可以用于存放未比对的数据 .AMTools的主要功能如下: view: BAM SAM SAM BAM 转换和提取部分比对 sort: 比对排序 merge: 聚合多个排序比对 index: 索引排序比对 faidx: 建立FASTA索引,提取部分序列 tview: 文本格式查 ...

2017-08-29 09:57 0 2273 推荐指数:

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samtools 的使用

主要介绍一下 SAMtools用法。它被誉为 NGS 里面的 瑞士军刀,功能很是强大,所以值得好好学习一番。 文档参考 总站 samtools-mannual github-samtools 标准流程 推荐: blog SAMtools: Primer ...

Wed Sep 23 09:43:00 CST 2015 0 2096
samtools idxstats

有很多种格式来记录mapping的结果,大多数都收录在UCSC的帮助文档中。在mapping之后,如何对mapping的结果进行评估呢? 最简单的,就是通过samtools来评估mapping质量了。 samtools idxstats aln.sorted.bam 注意,这一步之前需要 ...

Thu Jul 16 19:19:00 CST 2015 0 1976
sprintf用法简介

sprintf用法简介 选自《CSDN 社区电子杂志——C/C++杂志》 在将各种类型的数据构造成字符串时,sprintf 的强大功能很少会让你失望。由于sprintf 跟printf 在用法上几乎一样,只是打印的目的地不同而已,前者打印到字符串中,后者则直接在命令行上输出。这也导致 ...

Fri Nov 30 19:21:00 CST 2012 9 615
SSH简介及其用法

目录 SSH的安全机制 SSH的安装 启动服务器的SSH服务 SSH两种级别的远程登录 SSH的高级应用 Secure Shell(SSH) 是由 IETF(The Internet ...

Thu Apr 30 04:45:00 CST 2020 0 563
kqueue用法简介

1.什么是kqueue和IO复用 kueue是在UNIX上比较高效的IO复用技术。 所谓的IO复用,就是同时等待多个文件描述符就绪,以系统调用的形式提供。如果所有文件描述符都没有就绪的话,该系统调用 ...

Fri Jul 01 05:43:00 CST 2016 0 4583
BufferedInputStream与BufferedOutputStream用法简介

BufferedInputStream是带缓冲区的输入流,默认缓冲区大小是8M,能够减少访问磁盘的次数,提高文件读取性能;BufferedOutputStream是带缓冲区的输出流,能够提高文件的写入 ...

Fri Dec 15 03:33:00 CST 2017 0 2446
SpringBoot HATEOAS用法简介

REST风格简介 介绍HATEOAS之前先简单介绍一下REST,REST 是 Representational state transfer 的缩写,翻译过来的意思是表达性状态转换。REST是一种架构的风格 Richardson Maturity Model Richardson 提出 ...

Mon Oct 28 00:06:00 CST 2019 0 637
Redis HyperLogLog用法简介

(1)HyperLogLog简介 在Redis 在 2.8.9 版本才添加了 HyperLogLog,HyperLogLog算法是用于基数统计的算法,每个 HyperLogLog 键只需要花费 12 KB 内存,就可以计算接近 2^64 个不同元素的基数。HyperLogLog适用于大数据 ...

Thu Jul 18 06:00:00 CST 2019 0 654
 
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