原文网址： http://blog.biochen.com/archives/337 HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者，使用改进的BWT算法，实现了更快的速度和更少的资源占用，作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。官网：https ...

1.本人刚开始安装的时候，先下载相关的软件包，然后安装installtion中的方法安装， 运行的时候老是报错。根据错误提示安装解决方法。也参考了其他的笔友的一些建议， 发现特别麻烦，后来无意中发现有小伙伴用bioconda来安装，一个命令，简单快捷。 2.bioconda安装HTSeq ...

RNA-seq数据的比对结果怎么解读？网上有很多人问，这里做一个大致的总结。 Hisat2和bowtie2比对后产生的Alignment summary的格式是一样的，如下： Alignment summary When HISAT2 finishes running, it prints ...

什么是RNA-Seq (RNA Sequencing) 2011-07-14 ~ ADMIN 随着ome为词尾的各种组学的出现，转录组学已经成为了人们了解生物信息的一个重要组成部分。人们使用了许多办法来掌握转录组的情况，主要分为两类，一类是基于杂交，一类是基于下一代测序技术 ...

简单理解RNA-seq 刘小泽 已关注 2018.10.17 23:51* 字数 1518 阅读 46评论 0喜欢 3 今天就当一个小故事看吧，看了statQuest，感觉讲的很棒，于是分享给大家原版视频后台回复 ...

转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合。转录组研究能够从整体水 平研究基因功能以及基因结构，揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理，已广泛应 用于基础研究、临床 ...

这部分开始进行基本的富集分析，两类 A：差异基因富集分析（不需要表达值，只需要gene name） B: 基因集(gene set)富集分析（不管有无差异， ...

这么多工具和基因组版本，选择困难症犯了，到底用哪个好呢？ 2018 nature - Developmental diversification of cortical inhibitory int ...