实际应用中,异常值的出现会毁掉一张热图。这通常不是我们想要的。为了更好的可视化效果,需要对数据做些预处理,主要有对数转换,Z-score转换,抹去异常值,非线性颜色等方式。 对数转换 为了方便描述,假设下面的数据是基因表达数据,4个基因 (a, b, c, d)和5个样品 ...
生成测试数据 绘图首先需要数据。通过生成一堆的向量,转换为矩阵,得到想要的数据。 data lt c : , : , : , : , : , : , : , : , : , : , : , : , : , : , : , : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...
2017-08-27 17:35 0 25766 推荐指数:
实际应用中,异常值的出现会毁掉一张热图。这通常不是我们想要的。为了更好的可视化效果,需要对数据做些预处理,主要有对数转换,Z-score转换,抹去异常值,非线性颜色等方式。 对数转换 为了方便描述,假设下面的数据是基因表达数据,4个基因 (a, b, c, d)和5个样品 ...
绘制热图除了使用ggplot2,还可以有其它的包或函数,比如pheatmap::pheatmap (pheatmap包中的pheatmap函数)、gplots::heatmap.2等。 相比于ggplot2作heatmap, pheatmap会更为简单一些,一个函数设置 ...
线图是反映趋势变化的一种方式,其输入数据一般也是一个矩阵。 单线图 假设有这么一个矩阵,第一列为转录起始位点及其上下游5 kb的区域,第二列为H3K27ac修饰在这些区域的丰度,想绘制一张线图展示。 profile="Pos;H3K27ac -5000;8.7 ...
一:导入R包及需要画热图的数据 library(pheatmap) data<- read.table("F:/R练习/R测试数据/heatmapdata.txt",head = T,row.names=1,sep="\t") 二:画图 1)pheatmap(data)#默认参数 ...
这里利用Nathan Yau所著的《鲜活的数据:数据可视化指南》一书中的数据,学习画图。 数据地址:http://datasets.flowingdata.com/ppg2008.csv 首先查看一下数据文件的前5行: 这是NBA球员的比赛统计数据,比如说AST ...
在R中画地图先从简单的maps包开始。 library("maps") 在这个maps包中有一些数据集,用命令data(package=”maps”),可以看到如下数据: canada.cities Database of Canadian cities ...
第一章 R语言介绍 读取,设置当前工作区 setwd("E:\\Desktop\\R Language\\R") getwd() 特殊显示格式 > options(digits=3) #显示小数点后三位 > x<-runif(20) ? > x [1] 0.329 ...
R语言的起源 R语言主要受S语言( 1976年John Chambers在贝尔实验室创建)和Scheme语言(20世纪70年代在麻省理工学院AI实验室的Guy L. Steele和Gerald Jay Sussman创建)影响发展而来,主要用户为统计学家和数据分析人员,常用于统计分析和图形可视化 ...