扩增子分析解读4去嵌合体 非细菌序列 生成代表性序列和OTU表
本节课程，需要先完成 扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类 先看一下扩增子分析的整体流程，从下向上逐层分析 分析前准备 ...
原文：扩增子分析解读5物种注释 OTU表操作
本节课程，需要先完成 扩增子分析解读 系列之前的操作 质控 实验设计 双端序列合并 提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 格式转换 去冗余 聚类 去嵌合体 非细菌序列 生成代表性序列和OTU表 分析前准备 进入工作目录 cd example PE 上一节回顾：我们学习了嵌合体的形成，以及基于参考数据库去嵌合体 也学习了基于数据库比对来筛选细菌或真菌 最后基于最确定的OTU，我们生成代 ...
2017-08-23 21:31 0 2740 推荐指数：
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本文采用目前最主流的扩增子测序数据类型HiSeq2500 PE250类型数据为例，结合目前主流方法QIIME+USearch定制的分析流程。本课程中所需的测序数据、实验设计和课程分析生成的中间文件，均可以直去百度云下载。链接：http://pan.baidu.com/s/1hs1PXcw 密码 ...