扩增子分析解读5物种注释 OTU表操作
本节课程，需要先完成《扩增子分析解读》系列之前的操作 1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类 4去嵌合体 非细菌序列 生成代表性序列和OTU表 分析前准备 ...
原文：扩增子分析解读3格式转换 去冗余 聚类
本节课程，需要完成扩增子分析解读 质控 实验设计 双端序列合并和 提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 先看一下扩增子分析的整体流程，从下向上逐层分析 分析前准备 进入工作目录 cd example PE 上一节回顾：我们提取barcode，质控及样品拆分，切除扩增引物，经历了两节课 步数据处理才拿到我们扩增的高质量目的片段 貌似基因组 RNA Seq测序结果直接就是这个阶段了，可以直 ...
2017-08-21 19:35 0 1203 推荐指数：
相关推荐
扩增子分析解读2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物
本节课程，需要完成 扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并 先看一下扩增子分析的整体流程，从下向上逐层分析 分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾：我们拿到了双端数据，进行了质控、并对实验设计 ...
扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并
本文采用目前最主流的扩增子测序数据类型HiSeq2500 PE250类型数据为例，结合目前主流方法QIIME+USearch定制的分析流程。本课程中所需的测序数据、实验设计和课程分析生成的中间文件，均可以直去百度云下载。链接：http://pan.baidu.com/s/1hs1PXcw 密码 ...
扩增子图片解读7三元图
三元图/三元相图 Ternary Plot 三元图有6种英文叫法，其中ternary plot最为常用。三元图是重心图的一种，它有三个变量，但需要三者总和为恒定值。在一个 ...
扩增子分析QIIME2-1简介和安装
QIIME2是微生物组分析流程QIIME(截止17.7.13被引7771次)的全新版(不是升级版)，采用python3全新编写，并于2018年1月全面接档QIIME，是代表末来的分析方法标准(大牛们制定方法标准，我们跟着用就好了)。 安装 安装方法比较简单，参照官网：https ...
扩增子分析解读4去嵌合体 非细菌序列 生成代表性序列和OTU表
本节课程，需要先完成 扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类 先看一下扩增子分析的整体流程，从下向上逐层分析 分析前准备 ...
扩增子分析QIIME2-2数据导入Importing data
# 激活工作环境 source activate qiime2-2017.8 # 建立工作目录 mkdir -p qiime2-importing-tutorial cd qiime2-imp ...
扩增子图表解读3热图：差异菌、OTU及功能
热图是使用颜色来展示数值矩阵的图形。通常还会结合行、列的聚类分析，以表达实验数据多方面的结果。 热图在生物学领域应用广泛，尤其在高通量测序的结果展示中很流行，如样品-基因表达，样品-OTU相对丰度矩阵非常适合采用热图呈现。 热图优点 ...