原文:扩增子分析解读2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物

本节课程,需要完成 扩增子分析解读 质控 实验设计 双端序列合并 先看一下扩增子分析的整体流程,从下向上逐层分析 分析前准备 进入工作目录 cd example PE 上一节回顾:我们拿到了双端数据,进行了质控 并对实验设计进行了填写和检查 最后将双端数据合并为单个文件进行下游分析。 接下来我们将序列末端的barcode标签切下来,因为它们是人为添加的,不属于实验对象 再根据标签序列与实验设计文 ...

2017-08-21 06:27 0 1798 推荐指数:

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扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并

本文采用目前最主流的扩增子测序数据类型HiSeq2500 PE250类型数据为例,结合目前主流方法QIIME+USearch定制的分析流程。本课程中所需的测序数据、实验设计和课程分析生成的中间文件,均可以直去百度云下载。链接:http://pan.baidu.com/s/1hs1PXcw 密码 ...

Mon Aug 21 12:21:00 CST 2017 0 2299
扩增子分析解读5物种注释 OTU表操作

本节课程,需要先完成《扩增子分析解读》系列之前的操作 1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类 4去嵌合体 非细菌序列 生成代表性序列和OTU表 分析前准备 ...

Thu Aug 24 05:31:00 CST 2017 0 2740
扩增子分析解读3格式转换 去冗余 聚类

本节课程,需要完成扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并和2提取barcode 质控样品拆分 切除扩增引物 先看一下扩增子分析的整体流程,从下向上逐层分析 分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们提取 ...

Tue Aug 22 03:35:00 CST 2017 0 1203
扩增子图片解读7三元图

三元图/三元相图 Ternary Plot 三元图有6种英文叫法,其中ternary plot最为常用。三元图是重心图的一种,它有三个变量,但需要三者总和为恒定值。在一个 ...

Thu Aug 03 08:11:00 CST 2017 0 3622
扩增子分析QIIME2-1简介和安装

QIIME2是微生物组分析流程QIIME(截止17.7.13被引7771次)的全新版(不是升级版),采用python3全新编写,并于2018年1月全面接档QIIME,是代表末来的分析方法标准(大牛们制定方法标准,我们跟着用就好了)。 安装 安装方法比较简单,参照官网:https ...

Fri Sep 15 16:51:00 CST 2017 0 1450
扩增子图表解读4曼哈顿图:差异分类级别Taxonomy

曼哈顿图 Manhattan Plot 曼哈顿图本质上是一个散点图,用于显示大量非零大范围波动数值,最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研究展示高度相关位点。它得名源于样式与曼哈顿天际线相似(如下图)。 近几年,在宏基因组领域,尤其是差异OTU结合 ...

Thu Aug 03 08:09:00 CST 2017 0 6180
 
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