【转录组入门】5：序列比对
作业要求： 比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2，并且搞懂它的用法。 直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。 接着用samtools把它转为bam文件，并且排序(注意N和P两种排序区别)索引 ...
原文：转录组入门(5)：序列比对
任务列表 比对软件 hisat 的用法 下载index文件 比对 排序 索引 质量控制 载入IGV，截图几个基因 hisat 的用法 本作业是比对到基因组，所以使用gapped or splices mapper，此流程已经更新。TopHat首次被发表已经是 年前，STAR的比对速度是TopHat的 倍，HISAT更是STAR的 . 倍。HISAT 是TopHat Bowti 的继任者，使用改进 ...
2017-08-16 22:18 0 1159 推荐指数：
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