NCBI下载SRA数据
从NCBI下载数据本来是一件很简单的事情，但是今天碰到几个坑： 1、paper里没有提供SRA数据号、也没有提供路径； 2、不知道文件在ftp的地址，不能直接用wget下载 所以通过在NCBI官网，直接在SRA搜索栏里： 输入paper的title关键词NIFTY BGI ...
原文：<二代測序> 批量下载 NCBI sra 文件
本文近期更新地址： http: blog.csdn.net tanzuozhev article details 前文 http: blog.csdn.net tanzuozhev article details 介绍了如何採用 sra toolkit 下载 sra 文件，可是假设你想下载整个项目的全部样本。应该如何批量下载呢。以下參考biostar站点的部分回帖。做简介。 R语言 SRAdb ...
2017-08-10 11:03 0 1460 推荐指数：
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今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接，网上查发现都是老的方法，NCBI页面已经变更，于是看了NCBI的help，并且记录下来新版的sra数据下载方法，要用NCBI的工具SRA Toolkit。另外咨询师兄，总结得到新的wget下载的方法。 方法1 NCBI告知的方法（中断不能继续 ...
【只要有ENA千万别用NCBI】拆分SRA文件，通过SRAtoolkits
只要有ENA千万别用NCBI！！！！ 最近开始分析网上Download的数据，一开始用人家现成的GWAS数据，后来觉得反正自己的数据到手该做的也是要做的，出来混早晚是要还的，所以就开始从头分析一些SRA的数据，我以为会很简单，事实证明是我简单了。 首先我们下了这样的一串数据 ...
NCBI SRA数据库
简介 SRA数据库是美国国立卫生研究院（NIH）的高通量测序数据的主要归档，是国际核苷酸序列数据库协作（INSDC）的一部分，其中包括NCBI序列读取存档（SRA），欧洲生物信息学研究所（EBI）和DNA数据库 日本（DDBJ）。 提交给三个组织中的任何一个的数据都是共享的。 SRA ...
如何利用efetch从NCBI中批量下载数据？
目录 找序列 下序列 假设我要从NCBI中下载全部水稻的mRNA序列，如何实施？ 找序列 第一步，肯定是找到相关序列。 我从ncbi taxonomy进入，搜索oryza。因为要搜索mRNA核酸序列，从此选择nucleotide，点击Go： 注意 ...
二代测序的fastq文件格式介绍
@HWUSI-EAS100R:6:73:941:1973#0/1 GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTT ...
8、SRR数据下载https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2/
1、prefetch SRRxxxxxx ～/ncbi/public/sra 2、fastq-dump --split-files xxxxxxsra 3、SRA、SAM以及Fastq文件高速下载方法 3.1 NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库 ...
NCBI SRA数据库使用详解
转：https://shengxin.ren/article/16 https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/7442699.html 批量下载SRA http://www.360doc.com/content/18/0428/15 ...