1. Blast (1)格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要参数: -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型,是核苷酸序列数据库(F - nucleotide)/蛋白质序列数据库(T – protein ...
以后打算工作中用到的相关BLAST操作全部用BLAST 来完成 与以前的Blast相以,我们还是从格式化数据库到比对开始 一般我们是有一个fasta文件用来格式化数据库,以前的命令是formatdb,现在是makeblastdb 一般用到的格式如下: makeblastdb in input file dbtype molecule type title database title parse ...
2017-08-06 16:14 0 1670 推荐指数:
1. Blast (1)格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要参数: -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型,是核苷酸序列数据库(F - nucleotide)/蛋白质序列数据库(T – protein ...
软件下载 BLAST+的一般用法如下: 格式化数据库 参数说明: -in:待格式化的序列文件 -dbtype:数据库类型,prot或nucl -out:数据库名 蛋白序列比对蛋白数据库(blastp) 参数说明: -query: 输入文件路径及文件名 -out:输出文件路径 ...
blast+本地化的构建对于流程化处理大量数据序列很方便,blast+是将blast模块化,分为了蛋白质序列比对蛋白数据库(blastp)、核酸序列比对核酸数据库(blastn)、核酸序列比对蛋白质数据库(blastx)、蛋白质比对翻译后的核酸数据库(tblastn)、 翻译后的核酸序列比对翻译 ...
链接:http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=830496&do=blog&quickforward=1&id=640600 Linux下BLAST+的本地化(NCBI-BLAST ...
如何下载NCBI blast数据库? 有哪些可供下载的blast数据库? blast如何使用? blast构建索引 | makeblastdb ...
。 以下内容介绍了在运行Windows 7操作系统的PC上安装BLAST+和示例NCBI数据库所需的 ...
常用的有两个,一个是gjt(Giant Java Tree)组织提供的mysql驱动,其JDBC Driver名称(Java类名)为:org.gjt.mm.mysql.Driver 详情请参 ...
http://www.cnblogs.com/wanglei5205/p/8579244.html 常规参数 模型参数 学习任务参数 ...