原文:BLAST+中makeblastdb参数详解

以后打算工作中用到的相关BLAST操作全部用BLAST 来完成 与以前的Blast相以,我们还是从格式化数据库到比对开始 一般我们是有一个fasta文件用来格式化数据库,以前的命令是formatdb,现在是makeblastdb 一般用到的格式如下: makeblastdb in input file dbtype molecule type title database title parse ...

2017-08-06 16:14 0 1670 推荐指数:

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比对软件BlastBlast+,Diamond比较

1. Blast (1)格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要参数: -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型,是核苷酸序列数据库(F - nucleotide)/蛋白质序列数据库(T – protein ...

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blast+安装及简单使用

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blast+本地化blastp操作(基于PDB库)—linux

blast+本地化的构建对于流程化处理大量数据序列很方便,blast+是将blast模块化,分为了蛋白质序列比对蛋白数据库(blastp)、核酸序列比对核酸数据库(blastn)、核酸序列比对蛋白质数据库(blastx)、蛋白质比对翻译后的核酸数据库(tblastn)、 翻译后的核酸序列比对翻译 ...

Tue Oct 29 23:24:00 CST 2019 0 528
BLAST在Windows系统本地化

。 以下内容介绍了在运行Windows 7操作系统的PC上安装BLAST+和示例NCBI数据库所需的 ...

Mon Aug 06 04:57:00 CST 2018 0 4302
jdbc URL的各个参数详解

常用的有两个,一个是gjt(Giant Java Tree)组织提供的mysql驱动,其JDBC Driver名称(Java类名)为:org.gjt.mm.mysql.Driver 详情请参 ...

Mon Jun 24 18:25:00 CST 2019 0 3180
 
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