原文:扩增子图表解读8网络图:节点OTU或类Venn比较

网络图 Network 网络图虽然给人高大上的感觉,但是由于信息太多,无法给读者提供读有效的可读信息或是读者不知道该理解什么,总是让人望尔却步。那是因为大家太不了解网络,自己读不懂网络想表达的意思及其重要性。 因此我要举一个网络分析重要的例子,大家都知道 年诺贝尔奖得主Yamanaka提出的诱导干细胞的四因子,其时在之前已经有多篇网络分析文章提出了这四因子,只是Yamanaka是第一实验验证的。 ...

2017-08-03 00:12 0 2144 推荐指数:

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扩增子图表解读3热:差异菌、OTU及功能

是使用颜色来展示数值矩阵的图形。通常还会结合行、列的聚类分析,以表达实验数据多方面的结果。 热在生物学领域应用广泛,尤其在高通量测序的结果展示中很流行,如样品-基因表达,样品-OTU相对丰度矩阵非常适合采用热呈现。 热优点 ...

Thu Aug 03 07:25:00 CST 2017 0 4263
扩增子图表解读5火山:差异OTU的数量及变化规律

火山 Volcano plot 在统计学上,火山是一种类型的散点图,被用于在大数据中快速鉴定变化。由于它的形成像火山喷发的样子,所以被称为火山。和上文讲的曼哈顿类似。 火山基本元素 火山也有很多种样式,在生 ...

Thu Aug 03 08:10:00 CST 2017 0 1999
扩增子图表解读4曼哈顿:差异分类级别Taxonomy

曼哈顿 Manhattan Plot 曼哈顿本质上是一个散点图,用于显示大量非零大范围波动数值,最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研究展示高度相关位点。它得名源于样式与曼哈顿天际线相似(如下图)。 近几年,在宏基因组领域,尤其是差异OTU结合 ...

Thu Aug 03 08:09:00 CST 2017 0 6180
扩增子图表解读1箱线图:Alpha多样性

箱线图 箱形(Box-plot)又称为盒须、盒式或箱线图,是一种用作 显示一组数据分散情况资料的统计。因形状如箱子而得名。在宏基因组领域,常用于展示样品组中各样品Alpha多样性的分布 第一种情况,最大或最小值没有超过1.5倍箱体 ...

Wed Aug 02 05:48:00 CST 2017 0 2262
扩增子图解读7三元

三元/三元相图 Ternary Plot 三元有6种英文叫法,其中ternary plot最为常用。三元是重心的一种,它有三个变量,但需要三者总和为恒定值。在一个等边三角形坐标系中,图中某一点的位置代表三个变量间的比例关系。常用于物理化学、 岩石学、矿物学 ...

Thu Aug 03 08:11:00 CST 2017 0 3622
扩增子分析解读5物种注释 OTU表操作

本节课程,需要先完成《扩增子分析解读》系列之前的操作 1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类 4去嵌合体 非细菌序列 生成代表性序列和OTU表 分析前准备 ...

Thu Aug 24 05:31:00 CST 2017 0 2740
 
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