网络图 Network 网络图虽然给人高大上的感觉,但是由于信息太多,无法给读者提供读有效的可读信息或是读者不知道该理解什么,总是让人望尔却步。那是因为大家太不了解网络,自己读不懂网络想表达的意思及其重要性。 因此我要举一个网络分析重要 ...
韦恩图 Venn Diagram Venn Diagram,也称韦恩图 维恩图 文氏图,用于显示元素集合重叠区域的图示。 韦图绘制工具 常用R语言的VennDiagram包绘制,输出PDF格式方便修改。此外还有非常多的在线工具,使用方便。 详见 轻松绘制各种Venn图 韦恩图在扩增子中用途 展示各样品和组间共有 各组特有的OTU 由于此类结果缺少统计支持,假阳性率高,近年来使用越来越少。 展示各 ...
2017-08-03 00:10 0 2510 推荐指数:
网络图 Network 网络图虽然给人高大上的感觉,但是由于信息太多,无法给读者提供读有效的可读信息或是读者不知道该理解什么,总是让人望尔却步。那是因为大家太不了解网络,自己读不懂网络想表达的意思及其重要性。 因此我要举一个网络分析重要 ...
热图是使用颜色来展示数值矩阵的图形。通常还会结合行、列的聚类分析,以表达实验数据多方面的结果。 热图在生物学领域应用广泛,尤其在高通量测序的结果展示中很流行,如样品-基因表达,样品-OTU相对丰度矩阵非常适合采用热图呈现。 热图优点 ...
火山图 Volcano plot 在统计学上,火山图是一种类型的散点图,被用于在大数据中快速鉴定变化。由于它的形成像火山喷发的样子,所以被称为火山图。和上文讲的曼哈顿图类似。 火山图基本元素 火山图也有很多种样式,在生 ...
曼哈顿图 Manhattan Plot 曼哈顿图本质上是一个散点图,用于显示大量非零大范围波动数值,最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研究展示高度相关位点。它得名源于样式与曼哈顿天际线相似(如下图)。 近几年,在宏基因组领域,尤其是差异OTU结合 ...
散点图 数据点在直角坐标系平面上的分布图。在宏基因组领域,散点图常用于展示样品组间的Beta多样性,常用的分析方法有主成分分析(PCA),主坐标轴分析(PCoA/MDS)和限制条件的主坐标轴分析(CPCoA/CCA/RDA)。 Beta ...
箱线图 箱形图(Box-plot)又称为盒须图、盒式图或箱线图,是一种用作 显示一组数据分散情况资料的统计图。因形状如箱子而得名。在宏基因组领域,常用于展示样品组中各样品Alpha多样性的分布 第一种情况,最大或最小值没有超过1.5倍箱体 ...
、冶金学和其它物理科学,用于表示在同一个系统中三组分间的比例。在群体遗传学中,它被称做Finetti图;在 ...
本节课程,需要先完成《扩增子分析解读》系列之前的操作 1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类 4去嵌合体 非细菌序列 生成代表性序列和OTU表 分析前准备 ...