原文:宏基因组扩增子图表解读2散点图:组间整体差异分析(Beta多样性)

散点图 数据点在直角坐标系平面上的分布图。在宏基因组领域,散点图常用于展示样品组间的Beta多样性,常用的分析方法有主成分分析 PCA ,主坐标轴分析 PCoA MDS 和限制条件的主坐标轴分析 CPCoA CCA RDA 。 Beta多样性 Beat多样性是生态学概念,专指不同组或生态位间物种组成的差异。 分析方法 在读文章中经常可以看到PCA分析 PCoA分析,NMDS分析,CCA分析,RD ...

2017-08-02 23:24 0 2145 推荐指数:

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扩增子图表解读1箱线图:Alpha多样性

箱线图 箱形图(Box-plot)又称为盒须图、盒式图或箱线图,是一种用作 显示一数据分散情况资料的统计图。因形状如箱子而得名。在宏基因组领域,常用于展示样品中各样品Alpha多样性的分布 第一种情况,最大或最小值没有超过1.5倍箱体 ...

Wed Aug 02 05:48:00 CST 2017 0 2262
扩增子宏基因组测序问题集锦

扩增子常见问题 01 实验室检测的DNA浓度很高,送到公司检测之后浓度却比较低呢? 1、老师在实验室多采用Nanodrop对DNA浓度进行检测,而在公司我们会结合Qubit、Nanodrop、琼脂糖电泳三种方法检测DNA样品的质量 ...

Thu Aug 03 08:13:00 CST 2017 0 3044
扩增子图表解读4曼哈顿图:差异分类级别Taxonomy

曼哈顿图 Manhattan Plot 曼哈顿图本质上是一个散点图,用于显示大量非零大范围波动数值,最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研究展示高度相关位点。它得名源于样式与曼哈顿天际线相似(如下图)。 近几年,在宏基因组领域,尤其是差异OTU结合 ...

Thu Aug 03 08:09:00 CST 2017 0 6180
扩增子图表解读3热图:差异菌、OTU及功能

热图是使用颜色来展示数值矩阵的图形。通常还会结合行、列的聚类分析,以表达实验数据多方面的结果。 热图在生物学领域应用广泛,尤其在高通量测序的结果展示中很流行,如样品-基因表达,样品-OTU相对丰度矩阵非常适合采用热图呈现。 热图优点 ...

Thu Aug 03 07:25:00 CST 2017 0 4263
扩增子图表解读5火山图:差异OTU的数量及变化规律

火山图 Volcano plot 在统计学上,火山图是一种类型的散点图,被用于在大数据中快速鉴定变化。由于它的形成像火山喷发的样子,所以被称为火山图。和上文讲的曼哈顿图类似。 火山图基本元素 火山图也有很多种样式,在生 ...

Thu Aug 03 08:10:00 CST 2017 0 1999
扩增子图表解读8网络图:节点OTU或类Venn比较

网络图 Network 网络图虽然给人高大上的感觉,但是由于信息太多,无法给读者提供读有效的可读信息或是读者不知道该理解什么,总是让人望尔却步。那是因为大家太不了解网络,自己读不懂网络想表达的意思及其重要。 因此我要举一个网络分析重要 ...

Thu Aug 03 08:12:00 CST 2017 0 2144
扩增子统计绘图1箱线图:Alpha多样性

绘制Alpha多样性线箱图 绘图和统计全部为R语言,建议复制代码,在Rstuido中运行,并设置工作目录为存储之前分析结果文件的result目录 # 运行前,请在Rstudio中菜单栏选择“Session - Set work directory -- Choose ...

Thu Aug 24 05:54:00 CST 2017 0 1260
 
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