原文:扩增子图表解读1箱线图:Alpha多样性

箱线图 箱形图 Box plot 又称为盒须图 盒式图或箱线图,是一种用作 显示一组数据分散情况资料的统计图。因形状如箱子而得名。在宏基因组领域,常用于展示样品组中各样品Alpha多样性的分布 第一种情况,最大或最小值没有超过 . 倍箱体范围 第二种情况,最大或最小值超过 . 倍箱体范围,外位延长线外,即异常值 outliers Alpha多样性 知识背景:Alpha多样性计算方法 常见的丰度估 ...

2017-08-01 21:48 0 2262 推荐指数:

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扩增子统计绘图1线图Alpha多样性

绘制Alpha多样性线图 绘图和统计全部为R语言,建议复制代码,在Rstuido中运行,并设置工作目录为存储之前分析结果文件的result目录 # 运行前,请在Rstudio中菜单栏选择“Session - Set work directory -- Choose ...

Thu Aug 24 05:54:00 CST 2017 0 1260
扩增子图表解读4曼哈顿图:差异分类级别Taxonomy

曼哈顿图 Manhattan Plot 曼哈顿图本质上是一个散点图,用于显示大量非零大范围波动数值,最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研究展示高度相关位点。它得名源于样式与曼 ...

Thu Aug 03 08:09:00 CST 2017 0 6180
扩增子图表解读3热图:差异菌、OTU及功能

热图是使用颜色来展示数值矩阵的图形。通常还会结合行、列的聚类分析,以表达实验数据多方面的结果。 热图在生物学领域应用广泛,尤其在高通量测序的结果展示中很流行,如样品-基因表达,样 ...

Thu Aug 03 07:25:00 CST 2017 0 4263
扩增子图表解读5火山图:差异OTU的数量及变化规律

火山图 Volcano plot 在统计学上,火山图是一种类型的散点图,被用于在大数据中快速鉴定变化。由于它的形成像火山喷发的样子,所以被称为火山图。和上文讲的曼哈顿图类 ...

Thu Aug 03 08:10:00 CST 2017 0 1999
扩增子图表解读8网络图:节点OTU或类Venn比较

网络图 Network 网络图虽然给人高大上的感觉,但是由于信息太多,无法给读者提供读有效的可读信息或是读者不知道该理解什么,总是让人望尔却步。那是因为大家太不了解网络,自己读不懂网络想表达的意思及其重要。 因此我要举一个网络分析重要 ...

Thu Aug 03 08:12:00 CST 2017 0 2144
扩增子图解读7三元图

三元图/三元相图 Ternary Plot 三元图有6种英文叫法,其中ternary plot最为常用。三元图是重心图的一种,它有三个变量,但需要三者总和为恒定值。在一个 ...

Thu Aug 03 08:11:00 CST 2017 0 3622
 
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