原文:扩增子分析QIIME2-4分析实战Moving Pictures

本示例的的数据来自文章 Moving pictures of the human microbiome ,Genome Biology ,取样来自两个人身体四个部位五个时间点 进入环境 source activate qiime . 退出环境 source deactivate 准备数据 创建并进入工作目录 mkdir p qiime moving pictures tutorial cd qi ...

2017-08-01 21:43 0 1915 推荐指数:

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扩增子分析QIIME2-1简介和安装

QIIME2是微生物组分析流程QIIME(截止17.7.13被引7771次)的全新版(不是升级版),采用python3全新编写,并于2018年1月全面接档QIIME,是代表末来的分析方法标准(大牛们制定方法标准,我们跟着用就好了)。 安装 安装方法比较简单,参照官网:https ...

Fri Sep 15 16:51:00 CST 2017 0 1450
扩增子分析QIIME2-2数据导入Importing data

# 激活工作环境 source activate qiime2-2017.8 # 建立工作目录 mkdir -p qiime2-importing-tutorial cd qiime2-importing-tutorial 导入带质量值的测序数据 地球微生物组标准混样单端 ...

Fri Sep 15 22:16:00 CST 2017 0 2769
扩增子分析解读5物种注释 OTU表操作

本节课程,需要先完成《扩增子分析解读》系列之前的操作 1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类 4去嵌合体 非细菌序列 生成代表性序列和OTU表 分析前准备 ...

Thu Aug 24 05:31:00 CST 2017 0 2740
扩增子分析解读2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物

本节课程,需要完成 扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并 先看一下扩增子分析的整体流程,从下向上逐层分析 分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们拿到了双端数据,进行了质控、并对实验设计 ...

Mon Aug 21 14:27:00 CST 2017 0 1798
扩增子分析解读3格式转换 去冗余 聚类

本节课程,需要完成扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并和2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 先看一下扩增子分析的整体流程,从下向上逐层分析 分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们提取 ...

Tue Aug 22 03:35:00 CST 2017 0 1203
扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并

本文采用目前最主流的扩增子测序数据类型HiSeq2500 PE250类型数据为例,结合目前主流方法QIIME+USearch定制的分析流程。本课程中所需的测序数据、实验设计和课程分析生成的中间文件,均可以直去百度云下载。链接:http://pan.baidu.com/s/1hs1PXcw 密码 ...

Mon Aug 21 12:21:00 CST 2017 0 2299
 
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