原文:如何注释基因组中的tRNA + 安装tRNAscan-SE

简介 tRNA:tRNA是mRNA翻译到蛋白的步骤中根据密码子搬运氨基酸的RNA。这个结构的最核心部位就是与密码子配对的三位碱基。tRNA长得像一个三叶草,大概 bp,所以除了三位碱基,识别其二维结构,是为了知道如何折叠成三叶草。 tRNAscan SE用 Perl 整合了tRNAscan EufindRNA 和Cove 个tRNA检测软件。首先调用 tRNAscan和EufindRNA鉴定基因组 ...

2017-07-26 21:05 0 1710 推荐指数:

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tRNAscan-SE 预测tRNA基因

tRNAscan-SE 软件可以根据输入的基因组序列,预测对应的tRNA基因 在线的tRNAscan-SE的链接如下:http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/ 如下图所示,只需要输入fasta 格式的序列,选择对应的物种类型和其他的一些选项,点击运行按钮即可 ...

Thu Jun 29 19:16:00 CST 2017 0 1749
tRNAscan-SE

tRNAscan-SE是一款可以在基因组上扫描tRNA的序列,也就是说你给定一基因序列(fasta数据格式),可以用这个软件去预测这个序列是不是tRNA.具体的实现原理,我不搞生物,所以也就不太明白。tRNAscan-SE是在linux下运行的。 tRNAscan-SE有两种 ...

Sun Oct 12 18:09:00 CST 2014 0 2221
基因组注释

基因组注释主要包括四个研究方向:重复序列的识别;非编码RNA的预测;基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。 1 重复序列的识别。 1.1 重复序列的研究背景和意义:重复序列可分为串联重复序列(Tendam repeat)和散在重复序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
基因组注释】GMAP安装使用问题

homology策略预测基因结构,下载了公共mRNA/CDS序列,考虑用gmap比对。本来是个很简单的脚本,但总是不那么顺利。 无论是用conda安装,还是源码安装较新版本,都存在问题。 第一步建立索引都没问题。但比对时,没报错,出现如下: 结果是cds_gene.gff3除了表头 ...

Fri Apr 16 06:43:00 CST 2021 0 336
基因组注释】ncRNA注释

目录 1. ncRNA 2. 软件 tRNA注释 rRNA注释 其他ncRNA注释 3. 注释 tRNA rRNA snRNA、miRNA等 4. snRNA、miRNA等结果的统计 ...

Mon Oct 11 20:11:00 CST 2021 1 2029
基因组学】maker的安装注释

本文默认读者有一定的生信基础,没有基础的可以阅读以前的笔记内容。 ============================================================ con ...

Mon Jan 10 03:03:00 CST 2022 10 2842
SNPEFF snp注释 (添加自己基因组)

之间介绍过annovar进行对snp注释,今天介绍snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants ...

Mon Jun 03 06:02:00 CST 2019 0 1247
 
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