barcode(index)
在很多情况下，我们需要把多个样本混合在一起，在同一个通道(lane)里完成测序。像转录组测序、miRNA测序、lncRNA测序、ChIP测序等等，通常每个样本所需要的数据量都比较少，远少于HiSeq一个通道的产出能力，混合样本是普遍作法。以转录组测序为例，一个样本测序20 M片段(reads ...
原文：超短reads（primer、barcode、UMI、index等）比对方法
二代reads最短都有 bp，所以大家常用的比对工具都是不支持 bp以下的reads的比对的。 但是，在实际中，我们确实又有比对super short reads的需求。 So，我找到了如下方法来比对super short reads： .msa.sh，bbmap里的，好用，但是太慢。 .bbduk.sh，bbmap里的，不支持输出sam文件，只能输出map和unmap的reads。 .bbmap ...
2017-07-21 16:19 0 1567 推荐指数：
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seqkit | 序列处理利器 | fastq | fasta | barcode提取 | Cell Ranger | 荧光标记比对
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