原文:HTseq-count

HTSeq:一个用于处理高通量数据 High throughout sequencing 的python包。HTSeq包有很多功能类,熟悉python脚本的可以自行编写数据处理脚本。另外,HTSeq也提供了两个脚本文件能够直接处理数据:htseq qa 检测数据质量 和htseq count reads计数 。 用法:htseq count options lt alignment file gt ...

2017-07-15 09:13 0 1876 推荐指数:

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RNA-seq分析htseq-count的使用

HTSeq作为一款可以处理高通量数据的python包,由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Huber等人携手推出HTSeq — A Python framework to work with high-throughput sequencing ...

Fri Jul 20 06:44:00 CST 2018 0 10994
RNA-Seq分析软件HTSeq的安装

1.本人刚开始安装的时候,先下载相关的软件包,然后安装installtion中的方法安装, 运行的时候老是报错。根据错误提示安装解决方法。也参考了其他的笔友的一些建议, 发现特别麻烦,后来无意中发现有小伙伴用bioconda来安装,一个命令,简单快捷。 2.bioconda安装HTSeq ...

Sun Sep 10 03:24:00 CST 2017 0 1324
count(*)、count(1)和count(列名)的区别

count(*)、count(1)和count(列名)的区别 1、执行效果上: l count(*)包括了所有的列,相当于行数,在统计结果的时候,不会忽略列值为NULL l count(1)包括了忽略所有列,用1代表代码行,在统计结果的时候,不会忽略列值为NULL l ...

Tue Nov 20 04:32:00 CST 2018 1 4940
count(*)、count(val)和count(1)的解释

一、关于count的一些谣言: 1、count(*)比count(val)更慢!项目组必须用count(val),不准用count(*),谁用扣谁钱! 2、count(*)用不到索引,count(val)才能用到。 3、count(*)是统计出全表的记录,是吞吐量 ...

Tue Nov 12 23:48:00 CST 2013 6 11213
count(*),count(1)和count(主键) 区别

看如下数据: 不考虑Null的情况:count(1)和count(主键) 这两个只扫描主键Index就可以得到数据,count(*)是扫描表的。所以count(1)和count(主键)这两个效率高。还有一种写法是count(ROWID)这也是只扫描Index的,效率高。 这个问题 ...

Wed Jun 18 23:50:00 CST 2014 0 4132
Count(*), Count(1) 和Count(字段)的区别

1. count(1) and count(*) 当表的数据量大些时,对表作分析之后,使用count(1)还要比使用count(*)用时多了! 从执行计划来看,count(1)和count(*)的效果是一样的。 但是在表做过分析之后, count(1)会比count ...

Thu Apr 20 02:14:00 CST 2017 0 8226
count(*)、count(1)、count(0)、count(列名)区别

1、count(*)、count(1):   count(*)对行的数目进行计算,包含NULL,count(1)这个用法和count(*)的结果是一样的。   如果表没有主键,那么count(1)比count(*)快。表有主键,count(*)会自动优化到主键列上。   如果表只有一个字 ...

Wed Jan 29 19:38:00 CST 2020 0 2870
count(1)、count(*)、count(字段)的区别

count(1)和count(*): 都为统计所有记录数,包括null 执行效率上:当数据量1W+时count(*)用时较少,1w以内count(1)用时较少 count(字段): 统计字段列的行数,不包括null 若字段为主键则count(主键)效率最高,否则少量数据时使用count ...

Sun Jul 21 22:53:00 CST 2019 0 454
 
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